lapply and data.frame in R

我正在尝试使用R接受所需的用户输入文件，并将这些文件和每个文件的第14列中存储的值作为一个直方图。这一步我已经得到了：lapply and data.frame in R

library("tcltk") 
library("grid") 
File.names<-(tk_choose.files(default="", caption="Choose your files", multi=TRUE, filters=NULL, index=1)) 
Num.Files<-NROW(File.names) 
test<-sapply(1:Num.Files,function(x){readLines(File.names[x])}) 
data<-read.table(header=TRUE,text=test[1]) 
names(data)[14]<-'column14' 
dat <- list(file1 = data.frame("column14"), 
      file2 = data.frame("column14"), 
      file3 = data.frame("column14"), 
      file4 = data.frame("column14")) 
#Where the error comes up 
tmp <- lapply(dat, `[[`, 2) 
lapply(tmp, function(x) {hist(x, probability=TRUE, main=paste("Histogram of Coverage")); invisible()}) 
layout(1)

我的代码虽然挂断上，指出tmp <- lapply(dat,行[, 2) ，来了的错误是两件事情之一。如果行读取如上那么错误是这样的：

Error in .subset2(x, i, exact = exact) : subscript out of bounds 
Calls: lapply -> FUN -> [[.data.frame -> <Anonymous>

我做了一些研究，发现其可能的原因包括双[[]]所以我改成了tmp <- lapply(dat, [, 2)，看看它是否会有什么好处（如很多教程说可能），但只是导致这个错误：

Error in `[.data.frame`(X[[1L]], ...) : undefined columns selected 
Calls: lapply -> FUN -> [.data.frame

输入文件都将遵循这个模式：

Targ cov av_cov 87A_cvg 87Ag 87Agr 87Agr 87A_gra 87A%_1 87A%_3 87A%_5 87A%_10 87A%_20 87A%_30 87A%_40 87A%_50 87A%_75 87A%_100 
1:028 400 0.42 400 0.42 1 1 2 41.8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 
1:296 400 0.42 400 0.42 1 1 2 41.8 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0

为T他有一个共同的问题？任何人都可以解释给我吗？我对R不太熟悉，但我希望继续学习。感谢编辑：对于重复性，如果我跑：

head(test) 
head(data) 
x <- list(mtcars, mtcars, mtcars);lapply(x, head) 
head(dat)

这是结果：

> head(test) 
    [,1]                                    
[1,] "Targ cov av_cov 87A_cvg 87Ag 87Agr 87Agr 87A_gra 87A%_1 87A%_3 87A%_5 87A%_10 87A%_20 87A%_30 87A%_40\t87A%_50\t87A%_75\t87A%_100" 
[2,] "1:028 400\t0.42\t400\t0.42\t1\t1\t2\t41.8\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0"               
[3,] "1:296 400\t0.42\t400\t0.42\t1\t1\t2\t41.8\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0"               
[4,] "1:453 1646\t8.11\t1646\t8.11\t7\t8\t13\t100.0\t100.0\t87.2\t32.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0"             
[5,] "1:427 1646\t8.11\t1646\t8.11\t7\t8\t13\t100.0\t100.0\t87.2\t32.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0"             
[6,] "1:736 5105\t29.68\t5105\t29.68\t14\t29\t48\t100.0\t100.0\t100.0\t86.0\t65.7\t49.4\t35.5\t16.9\t0.0\t0.0"           
> head(data) 
[1] Targ  cov  av_cov X87A_cvg X87Ag  X87Agr X87Agr.1 
[8] X87A_gra X87A._1 X87A._3 X87A._5 X87A._10 X87A._20 X87A._30 
[15] X87A._40 X87A._50 X87A._75 X87A._100 
<0 rows> (or 0-length row.names) 
> x <- list(mtcars, mtcars, mtcars);lapply(x, head) 
[[1]] 
        mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb 
Mazda RX4   21.0 6 160 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4 
Mazda RX4 Wag  21.0 6 160 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4 
Datsun 710  22.8 4 108 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1 
Hornet 4 Drive 21.4 6 258 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1 
Hornet Sportabout 18.7 8 360 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2 
Valiant   18.1 6 225 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1 

[[2]] 
        mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb 
Mazda RX4   21.0 6 160 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4 
Mazda RX4 Wag  21.0 6 160 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4 
Datsun 710  22.8 4 108 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1 
Hornet 4 Drive 21.4 6 258 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1 
Hornet Sportabout 18.7 8 360 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2 
Valiant   18.1 6 225 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1 

[[3]] 
        mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb 
Mazda RX4   21.0 6 160 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4 
Mazda RX4 Wag  21.0 6 160 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4 
Datsun 710  22.8 4 108 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1 
Hornet 4 Drive 21.4 6 258 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1 
Hornet Sportabout 18.7 8 360 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2 
Valiant   18.1 6 225 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1 

> head(dat) 
$file1 
    X.column14. 
1 column14 

$file2 
    X.column14. 
1 column14 

$file3 
    X.column14. 
1 column14 

$file4 
    X.column14. 
1 column14 

> tmp <- lapply(dat, `[`, 2) 
Error in `[.data.frame`(X[[1L]], ...) : undefined columns selected 
Calls: lapply -> FUN -> [.data.frame 
Execution halted

来源

2012-08-13 Stephopolis

这可能是一个非常简单的修复方法，但是，如果没有可重复的数据，我们无法轻松实现。你可以用'lapply（dat，head）'来处理这个问题。使用'mtcars'就可以这样工作：'x < - list（mtcars，mtcars，mtcars）; lapply（x，head）'。这将使我们知道'dat'的外观以及如何最好地提供帮助。有关制作可重复示例的更多指导，请参阅：http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example – 2012-08-13 19:20:20

尝试在检查dat后立即检查值你定义它。你会注意到这不是你所期望的。使用'str（dat）'或'head（dat）'来做到这一点。 – Andrie 2012-08-13 19:21:33

@TylerRinker我添加了信息来帮助重现 – Stephopolis 2012-08-13 19:38:35

什么是你想在这里做什么？

tmp <- lapply(dat, `[[`, 2)

的lapply功能相当于

list(file1=dat[[1]][[2]], 
    file2=dat[[2]][[2]], 
    file3=dat[[3]][[2]], 
    file4=dat[[4]][[2]])

这是行不通的。您试图从仅包含1列的数据框中提取第2列。

将此dat重新定义，它将起作用。

dat <- list(file1 = data.frame("column14","iforgotcolumn2"), 
      file2 = data.frame("column14","iforgotcolumn2"), 
      file3 = data.frame("column14","iforgotcolumn2"), 
      file4 = data.frame("column14","iforgotcolumn2"))

来源

2012-08-13 21:49:27 ppham27

lapply and data.frame in R

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