重复在多个元素的函数

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import sys 
file = open(sys.argv[1], 'r') 
string = '' 
for line in file: 
    if line.startswith(">"): 
     pass 
    else: 
     string = string + line.strip() 
#print (list(string)) 
w = input("Please enter window size:") 
test = [string[i:i+w] for i in range (0,len(string),w)] 
seq = input("Please enter the number of sequences you wish to read:") 
#print (test[0:seq])

它会产生看起来像这 -

['TAAAACACCC', 'TCAATTCAAG', 'GGTTTTTGAG', 'CGAGCTTTTT', 'ACTCAAAGAA', 'TCCAAGATAG', 'CGTTTAAAAA', 'TTTAGGGGTG', 'TTAGGCTCAG', 'CATAGAGTTT']

现在，下一步就是读取一个列表的列表在列表的每个元素中出现GC（或可以是CG）的字母。有通过列表以这样的方式，输出文件看起来像一个地遍历：

Segment 1- The %GC is <the calculated number> 
Segment 2- The %GC is <the calculated number> 
Segment 3- The %GC is <the calculated number>

由于文件是wayy到大，段的数量i（列表等'TAAGATATA'的每个单独的元件）将越来越巨大我不知道如何获得输出文件中的段的数字（1,2,3 ...）。另外，因为我是python（和编程）的新手，我不太擅长使用函数。

来源

2013-01-22 begin.py

向我们展示您迄今为止编写的代码，兄弟 –

我不明白这个问题 - 您能给出一个更明确的例子，在这种情况下什么是Segments？ –

@ TheodrosZelleke-它的一个生物程序。将花费很多时间来解释，而且是不必要的。我想要的是循环遍历文件，以便我可以得到段（list = segemnt的每个元素）编号及其相应的GC％（我可以小心） –

我不确定你在问什么。

inp = ['TAAAACACCC', 'TCAATTCAAG', 'GGTTTTTGAG', 'CGAGCTTTTT', 'ACTCAAAGAA', 'TCCAAGATAG', 'CGTTTAAAAA', 'TTTAGGGGTG', 'TTAGGCTCAG', 'CATAGAGTTT'] 

for i, segment in enumerate(inp): 
    print "Segment {} - The %GC is {}".format(i, segment.count("GC"))

给

Segment 0 - The %GC is 0 
Segment 1 - The %GC is 0 
Segment 2 - The %GC is 0 
Segment 3 - The %GC is 1 
Segment 4 - The %GC is 0 
Segment 5 - The %GC is 0 
Segment 6 - The %GC is 0 
Segment 7 - The %GC is 0 
Segment 8 - The %GC is 1 
Segment 9 - The %GC is 0

来源

2013-01-22 17:32:32 katrielalex

i我正在使用python 2.7。它没有格式功能，我想。 –

就像我，并且有（这是一个字符串的实例方法）。 – katrielalex

你可以尝试在Python中map功能。 http://docs.python.org/3.1/library/functions.html#map提供了它的一般用法，但这里是一个使用Python3的例子。

def func1(myObject): 
    '''Trivial example function''' 
    return myObject * 2 
myList = [1,2,3] 
myMap = map(func1,myList) 
print(list(myMap))

地图在一个可迭代（例如列表，字符串等）执行的每个项目的方法和每个方法的执行结果放置到地图，然后可将其打印出来作为一个列表或遍历等一个列表。

如果你想让你的myObject成为一个列表本身，那就不应该是一个问题，只要你相应地使用它。

这是回答您的问题吗？

来源

2013-01-22 17:44:00 jheld

重复在多个元素的函数

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