dna-sequence

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    比较两个序列

    我真的很难学习Python 3，现在我正在为这一个练习而努力。 我必须写一个函数，使用两个参数： 1）它是一种DNA序列的字符串。 2）相同的长度作为参数酮（也DNA序列） 函数必须返回一个浮子（那是在两个DNA序列相同的碱基比例的字符串）。 所以，我知道我必须写，这将返回类似这样的功能： seq_similarity("ATGC","AGTT") 应该返回 0.75 我只走到这一步，现在
    python dna-sequence 2017-10-07

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    进入特征的DNA序列

    我有一个数据集包含DNA序列，我想将它们转换成数字表示。本文件中： 这是什么过程（转变），我想搜索一下吗？ 如何在python中应用它？ 它可以作为一个大数组，作为数据集输入吗？
    python bioinformatics dna-sequence 2017-10-09

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    uppered DNA转录与循环

    这是我必须实现我的目标，如标题中所述的代码。我现在似乎遇到的问题是第二行代码。我添加它的那一刻，程序停止工作，没有给我一个错误。先谢谢您的帮助。 seqDNA = input() seqDNA = seqDNA.upper() comp = '' for c in seqDNA: if c == 'a': comp = comp + 'u' elif c ==
    python python-3.x for-loop dna-sequence 2017-10-16

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    循环通过配对结束fastq读取

    如何循环通过配对结束fastq文件？对于单端读取，你可以做以下 library(ShortRead) strm <- FastqStreamer("./my.fastq.gz") repeat { fq <- yield(strm) if (length(fq) == 0) break #do things writeFasta(fq,
    r dna-sequence fastq 2017-02-17

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    计数没有。蟒蛇中的一个字中的子字符串

    counter=0 i=0 dna_string = "CGATATATCCATAG" if dna_string[i:i+len("ATA")]=="ATA": counter=counter+1 print (counter) 0 我试图数数。在dna_string中出现的“ATA”这应该给出3的答案，但它给出了0！
    python string substring dna-sequence 2017-02-17

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    DNA序列python的计算编辑距离

    所以我给出了对齐2个DNA序列中最低成本的任务。一个失败的输入是 CGCAATTCTGAAGCGCTGGGGAAGACGGGT & TATCCCATCGAACGCCTATTCTAGGAT 在正确对准成本24，但我得到的23 成本，我要读的切换成本基础说，一个A - > T，G - > C等等我给出的成本文件是 *,-,A,T,G,C -,0,1,2,1,3 A,1,0,1,5,1 T,2
    python dynamic-programming bioinformatics dna-sequence 2017-02-21

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    正确的边缘重组交叉DNA装配

    我试图实现遗传算法将DNA片段组装成一个只给出光谱序列。我唯一的运营商是Edge Recombination，我确信它足以获得相当不错的结果。 但是......我无法击败80％（最佳分数的百分比），并且有500个碎片的实例可能需要2小时（如果在100次迭代中没有改善，算法会停止）。我甚至执行它的权利？我没有发现任何交叉运营商应该选择匹配更好的元素（片段重叠 - 在大多数论文中，它只是我们挑选的），
    python bioinformatics dna-sequence 2017-06-05

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    使用混乱的比赛表示对基因序列[Python程序]

    我需要使用混乱的游戏表现，我从波斯蒂安Cigan的博客（https://bostjan-cigan.com/chaos-game-representation-of-gene-structure-in-python/） 作者这个Python代码代表许多基因序列：波斯蒂安Cigan https://bostjan-cigan.com import collections from coll
    python dna-sequence representation chaos 2017-06-12

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    matplotlib中的序列标识：aligning xticks

    我想用matplotlib绘制sequence logos。 整个代码可以在gist 有关部分是： class Scale(matplotlib.patheffects.RendererBase): def __init__(self, sx, sy=None): self._sx = sx self._sy = sy def draw_path(se
    python matplotlib dna-sequence 2017-03-05

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    picewise将它们上升到2的幂后从子串求和元素

    假设有一个函数。该函数将字符串作为参数。 该函数是一个类的函数之一。收到一个字符串后，它会根据子字符串计算一些变量。 在该过程的一部分中，我需要将键值对附加到字典中。 这些值应该从所提到的字符串的几个部分计算，但每个char需要（在转换为int之后）被提升为2的特定幂。权力从0增加到子串结尾。 我怕我不知道如何解决提高电源的两个incementation部分： self.topologia = {
    python dictionary lambda increment dna-sequence 2017-06-18
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