合并数据帧合计R中相同列的值

我有3个数据帧（行：站点，列：物种名称）物种丰度站点内。行号相同，但列号不同，因为并非所有的物种都在三个数据帧中。我想将它们合并成一个数据框，其中汇总了丰富的相同物种。例如：合并数据帧合计R中相同列的值

data.frame1

 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 
site1 1 2 3 1 
site2 0 2 0 1 
site3 1 1 1 1

data.frame2

 Sp1 Sp2 Sp4 
site1 0 1 2 
site2 1 2 0 
site3 1 1 1

data.frame3

 Sp1 Sp2 Sp5 Sp6 
site1 0 1 1 1  
site2 1 1 1 5 
site3 2 0 0 0

我想拥有的是一样的东西：

 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp5 Sp6 
site1 1 4 3 3 1 1 
site2 2 5 0 1 1 5 
site3 4 2 1 2 0 0

我想我必须使用合并，但到目前为止，我的尝试未能得到我想要的。

任何帮助表示赞赏。

来源

2013-04-15 eugenego

也许'聚合'比'merge'更好？ –

我会使用plyr的rbind.fill这样的：

pp <- cbind(names=c(rownames(df1), rownames(df2), rownames(df3)), 
         rbind.fill(list(df1, df2, df3))) 

# names Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp5 Sp6 
# 1 site1 1 2 3 1 NA NA 
# 2 site2 0 2 0 1 NA NA 
# 3 site3 1 1 1 1 NA NA 
# 4 site1 0 1 NA 2 NA NA 
# 5 site2 1 2 NA 0 NA NA 
# 6 site3 1 1 NA 1 NA NA 
# 7 site1 0 1 NA NA 1 1 
# 8 site2 1 1 NA NA 1 5 
# 9 site3 2 0 NA NA 0 0

然后，骨料与plyr'sddply如下：

ddply(pp, .(names), function(x) colSums(x[,-1], na.rm = TRUE)) 
# names Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp5 Sp6 
# 1 site1 1 4 3 3 1 1 
# 2 site2 2 5 0 1 1 5 
# 3 site3 4 2 1 2 0 0

来源

2013-04-15 15:35:38 Arun

我有一个解决方案，我保证它不是这个优雅。 +1 –

完美运作！不幸的是不能投票：（ – eugenego

@eugenego你可以标记最好回答问题的解决方案旁边的复选标记。 –

到阿伦的回答另：创建一个 '模板'阵列，您需要的所有列

Rgames> bbar<-data.frame('one'=rep(0,3),'two'=rep(0,3),'three'=rep(0,3)) 
Rgames> bbar 
    one two three 
1 0 0 0 
2 0 0 0 
3 0 0 0

然后，给每个数据帧的像

Rgames> bar1<-data.frame('one'=c(1,2,3),'two'=c(4,5,6)) 
Rgames> bar1 
    one two 
1 1 4 
2 2 5 
3 3 6

创建一个扩展数据帧：

Rgames> newbar1<-bbar 
Rgames> for (jj in names(bar)) newbar1[[jj]]<-bar[[jj]] 
Rgames> newbar1 
    one two three 
1 1 4 0 
2 2 5 0 
3 3 6 0

然后总结所有这些扩展的数据帧。笨拙但简单。

来源

2013-04-15 15:45:02

另一种选择是从reshape2使用melt/cast。下面是一个不复杂的例子：

df1 <- read.table(header=T, text=" 
    Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 
    site1 1 2 3 1 
    site2 0 2 0 1 
    site3 1 1 1 1") 

df2 <- read.table(header=T, text=" 
     Sp1 Sp2 Sp4 
site1 0 1 2 
site2 1 2 0 
site3 1 1 1") 

df3 <- read.table(header=T, text=" 
     Sp1 Sp2 Sp5 Sp6 
site1 0 1 1 1  
site2 1 1 1 5 
site3 2 0 0 0") 

df1$site <- rownames(df1) 
df2$site <- rownames(df2) 
df3$site <- rownames(df3) 

DF <- rbind(melt(df1,id="site"),melt(df2,id="site"),melt(df3,id="site")) 
dcast(data=DF,formula=site ~ variable,fun.aggregate=sum) 

    site Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp5 Sp6 
1 site1 1 4 3 3 1 1 
2 site2 2 5 0 1 1 5 
3 site3 4 2 1 2 0 0

总之，我们使用的网站指定为一个额外的变量，并且每个数据帧转换为长格式，随后将它们连接成一个单一的数据帧。后者包含长格式的所有值。用dcast我们创建你需要的数据框，站点在行中（公式的左侧），变量在列中（公式的右侧）。求和函数用于生成多个单元格的变量。

当然，该代码可以扩展到更通用的情况下循环或*应用函数。

来源

2013-04-15 15:49:59

添加到可用选项中，这里还有两个与base R一起使用的选项。（那种）宽聚集

temp <- cbind(df1, df2, df3) 
temp 
#  Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp1 Sp2 Sp4 Sp1 Sp2 Sp5 Sp6 
# site1 1 2 3 1 0 1 2 0 1 1 1 
# site2 0 2 0 1 1 2 0 1 1 1 5 
# site3 1 1 1 1 1 1 1 2 0 0 0 
sapply(unique(colnames(temp)), 
     function(x) rowSums(temp[, colnames(temp) == x, drop = FALSE])) 
#  Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp5 Sp6 
# site1 1 4 3 3 1 1 
# site2 2 5 0 1 1 5 
# site3 4 2 1 2 0 0

第二个选项：

第一选项半宽，长，宽

概念上，这类似于马克西姆。 K的答案：以长形式获取数据，并且使操作变得更容易：

> temp1 <- t(cbind(df1, df2, df3)) 
> # You'll get a warning in the next step 
> # Safe to ignore though... 
> temp2 <- data.frame(var = rownames(temp), stack(data.frame(temp))) 
Warning message: 
In data.row.names(row.names, rowsi, i) : 
    some row.names duplicated: 5,6,7,8,9 --> row.names NOT used 
> xtabs(values ~ ind + var, temp2) 
     var 
ind  Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp5 Sp6 
    site1 1 4 3 3 1 1 
    site2 2 5 0 1 1 5 
    site3 4 2 1 2 0 0

来源

2013-04-15 19:11:47 A5C1D2H2I1M1N2O1R2T1

合并数据帧合计R中相同列的值

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