Biopython缩进错误

我一直参与biopython大约一年，最近我升级到Biopython版本1.59。我一直在刷新我的技能与一些教程，但我总是当我运行一个for循环下面的错误，并从biopython库中的任何模块：Biopython缩进错误

IndentationError: expected an indented block

我只当我所说的.py文件得到这个错误写在科莫多编辑7.0.2版的命令行终端：

Priyas-iMac:~ Priya$ python /Users/priya/Documents/Python/Tutorials/BioParse.py 
    Traceback (most recent call last): 
     File "/Users/priya/Documents/Python/Tutorials/BioParse.py", line 4, in <module> 
     SeqIO.write(rc, "/Users/priya/Documents/Python/Tutorials/ls_orchid_rc.fasta", "fasta") 
     File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/SeqIO/__init__.py", line 400, in write 
     from Bio import AlignIO 
     File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/AlignIO/__init__.py", line 147, in <module> 
     import NexusIO 
     File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/AlignIO/NexusIO.py", line 19, in <module> 
     from Bio.Nexus import Nexus 
     File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Nexus/Nexus.py", line 15, in <module> 
     import os,sys, math, random, copy 
     File "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/random.py", line 27 
     randLowHigh(5,10) 
     ^
    IndentationError: expected an indented block

当我使用命令行来调用，我一年前写了如上它们运行良好的老.py文件。当我直接和类型启动蟒蛇在教程示例一行行正常工作：

Priyas-iMac:~ Priya$ python 
    Python 2.7.3 (default, Apr 19 2012, 00:55:09) 
    [GCC 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2335.15.00)] on darwin 
    Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. 
    >>> from Bio import SeqIO 
    >>> for seq_record in SeqIO.parse("/Users/priya/Documents/Python/Tutorials/ls_orchid.txt","fasta"): 
    ...  print seq_record.id 
    ... 
    gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533 
    gi|2765657|emb|Z78532.1|CCZ78532

如何解决我的.py文件这样我就可以从终端运行呢？

任何有关这个问题的见解将不胜感激！

普里亚

来源

2012-05-04 priyasshah

你能发布.py文件吗？也许，你忘了缩进第27行。 –

我不确定如何直接发布文件，你能告诉我怎么做吗？ – priyasshah

检查所有文件，并导入的模块有相同的缩进（制表符，空格，或相同数量的空格）。

从Style guide for Python code你可以阅读：

使用每一级缩进4个空格。

对于您不想搞乱的旧代码，您可以继续使用8-space选项卡。

以及有关制表和空格：

切勿混用制表符和空格。

缩进Python最流行的方式是只用空格。第二最流行的方式是只有选项卡。代码与缩进混合的制表符和空格应该转换为仅使用空格。当使用-t选项调用Python命令行解释器时，它会发出有关代码的警告，该代码会非法混合选项卡和空格。使用-tt时，这些警告会变成错误。强烈推荐这些选项！

对于新项目，强烈建议使用仅限空格的选项卡。大多数编辑器都具有可以轻松完成的功能。

也许科莫多正在自动改变一些东西（一些编辑们）。尝试在更简单的编辑器中编辑文件并查找选项卡。您可以选择将空间和标签显示为可见。

希望它有帮助！

来源

2012-05-04 14:54:53 viridis

感谢您的建议。我试图用Komodo Edit中的四个空格替换标签，它给了我同样的错误。我也尝试将它输入文本编辑器（在Mac上）新鲜，并得到相同的错误。我今天会尝试阅读更多关于这方面的内容，看看Komodo Edit是否有点奇怪。再次感谢！ – priyasshah

看看：http://stackoverflow.com/questions/1024435/howto-fix-python-indentation – viridis

事实证明，当我最初学习Python时，我愚蠢地命名了一个教程文件“random.py”来练习制作随机数字生成器。当biopython导入其他所需模块时，它会一直指向该文件而不是随机库模块：

File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Nexus/Nexus.py", line 15, in <module> 
    import os,sys, math, random, copy 
    File "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/random.py", line 27 
    randLowHigh(5,10)

感谢您的帮助，大家！

来源

2012-05-04 17:09:17 priyasshah

Biopython缩进错误

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