使用多线程在R中运行shell脚本

Question

我想用命令system（）在R中运行shell脚本（BLAST + in NCBI），但它似乎只使用一个线程，即使我在shell脚本中设置了多个线程。在这种情况下，我应该怎么做才能使用多线程？

的代码是 system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv")

我如何与R 16个内核此运行？谢谢！

Answer 1

随着并行：

library(parallel) 
ncore = 4 

syscall = system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv") 
mclapply(1:ncore,syscall,mc.cores=ncore)