如何创建一个大距离矩阵？

如何以适当的方式分配一个巨大的距离矩阵，以避免“分配是无法”错误。想象一下，你在一些空间中有100000个随机点。如何巧妙地创建一个矩阵或“dist” - 对象，它代表DistMatrix的一半。也许它应该是另一个对象，它将能够有效地分配大量的距离。如何创建一个大距离矩阵？

你可以从以下链接polygonial对象： https://www.dropbox.com/sh/65c3rke0gi4d8pb/LAKJWhwm-l

# Load required packages 
library(sp) 
library(maptools) 
library(maps) 

# Load the polygonal object 
x <- readShapePoly("vg250_gem.shp") 

# Sample or Pick up a large Number of Points 
# this command needs some minutes to be done. 
# "coord" is SpatialPoints Object 
n <- 1e5 
coord <- spsample(x, n, "random") 
# Try to measure the distances by dist() 

DistMatrix <- dist([email protected]) 
Error: negative length vectors are not allowed 

# Try to measure the distances by spDists() 
DistMatrix <- spDists(coord) 
Error: cannot allocate vector of size (some number) MB 

# It seems that the problem lies on large matrix to be created.

如何为这个问题中的R可解为“N”的伟大数字。

来源

2014-01-22 And_R

此时R无法分配RAM的随机数兆字节。此时，您的计算机正在将其所有内存都用于其他地方，并且您的进程没有（某些数量）的MBytes可用于继续。此时您有几种解决方案。其中，获得更多内存，关闭程序的机器，或者以较小的批次进行距离计算。尝试一个更小的n;当它工作时只需重复这个过程几次，直到你有了你的整个距离矩阵。

来源

2014-01-22 14:58:52

说小批量做你只是指使用spDistsN1（）？请如果你能澄清你的想法，它可以是有用的。提前致谢。 –

嗨。我不熟悉这种方法。但如果它适合你的话。实际上，我的意思是将距离矩阵分成子矩阵并逐个求解每个子矩阵。每次将结果保存在硬盘上。释放你的RAM。 –

你知道一些包加速简单的计算任务，如sum，sqrt等。我听说有一个允许的包，但我找不到任何包。 –

如何创建一个大距离矩阵？

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