将函数的结果设置为变量并附加 - 不一致

我需要从函数获取结果到变量，然后我想将结果作为新列附加到同一个文件中。我用下面的代码（例如，对于获得来自塔的最低值$ 2）：将函数的结果设置为变量并附加 - 不一致

min="$(cut -f2 myfile.tsv | sort -n | head -1)" 
awk -v min=$min '{print $0 "\t" min}' myfile.tsv > myfile_min.tsv

输入数据例如：

Backbone_1000 375 T X  
Backbone_1000 424 T EQ  
Backbone_1000 428 G EQ  
Backbone_1000 440 G EQ  
Backbone_1000 462 G EQ  
Backbone_1000 477 C EQ  
Backbone_1000 483 T EQ  
Backbone_1000 492 C EQ  
Backbone_1000 493 C EQ  
Backbone_1000 503 G EQ

预期输出：

Backbone_1000 375 T X 375 
Backbone_1000 424 T EQ 375 
Backbone_1000 428 G EQ 375 
Backbone_1000 440 G EQ 375 
Backbone_1000 462 G EQ 375 
Backbone_1000 477 C EQ 375 
Backbone_1000 483 T EQ 375 
Backbone_1000 492 C EQ 375 
Backbone_1000 493 C EQ 375 
Backbone_1000 503 G EQ 375

我的问题是，它有时可以工作，下次不可以。这是我提交给群集的更长程序的一部分。目前，我收到以下错误：

awk: cmd. line:1: fatal: cannot open file `A' for reading (No such file or directory)

我在寻找什么，我们有一个集群上，到目前为止，我设法找到：

2.6.18-411.el5 GNU/Linux

谁能解释一下是哪里的问题或建议另一种解决方案？

来源

2017-01-05 user_pb

请填写一些示例数据和预期结果。 –

你有“myfile.tsv”作为变量吗？它是在“双引号”之间吗？ – fredtantini

你显示的代码看起来很好。但是，在真实代码中的某处，会有一些变量与文件名无关。 – fedorqui

如何在AWK直接与它打交道：

$ awk 'NR==1 { min=$2 } NR==FNR { if($2<min)min=$2; next } $0=$0 "\t" min' file file 
Backbone_1000 375 T X 375 
Backbone_1000 424 T EQ 375 
Backbone_1000 428 G EQ 375 
...

它读取file两次，在第一次运行搜索的最小$2和outputing第二。

来源

2017-01-05 10:33:54

谢谢！它解决了这个问题，它更简单。 –

貌似的min值有时会出现意想不到因为你不要引用它 - 你应该（！）;） - 它会受到壳分词的。貌似$min的价值是一样的东西

foo bar A ... 
#^^space

这让壳拨打以下

awk -v min=foo bar A '{print $0 "\t" min}' myfile.tsv > myfile_min.tsv 
# min value^
# program  ^
# input files ^  ^   ^

使用此：

awk -v min="$min" '{print $0 "\t" min}' myfile.tsv > myfile_min.tsv 
# quotes ^^

当然，这不会$min解决问题本身是意想不到的，但至少它不会导致awk命令中的语法错误。你现在需要做的是修复设置为$min的命令行。

来源

2017-01-05 10:18:32 hek2mgl

将函数的结果设置为变量并附加 - 不一致

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