如何从PDB文件中提取所有链？

我关注此页 How to extract chains from a PDB file?但我无法找到我想要的完整解决方案。这里是我的问题：如何从PDB文件中提取所有链？

没有给出特定的链id，我想提取pdb中的所有链id并在独立的pdb文件中写入这些链id。你能告诉我如何提取pdb中存在的所有链吗？例如，如果pdb包含两个链，我想单独编写所有两个链。

6CHY - 它有两个链A和B.我要分别在6CHY_A.pdb和B链中写入6CHY_B中的A链。

2014-09-05 Exchhattu

可以使用get_chains检索pdb中的所有链。

pdb = PDBParser().get_structure("6CHY", "6CHY.pdb") 

for chain in pdb.get_chains(): 
    # Chain business goes here

假设您需要将每个链写入单独的文件。这样做：

from Bio.PDB import PDBParser, PDBIO 

io = PDBIO() 
pdb = PDBParser().get_structure("6CHY", "6CHY.pdb") 

for chain in pdb.get_chains(): 
    io.set_structure(chain) 
    io.save(pdb.get_id() + "_" + chain.get_id() + ".pdb")

来源

2014-09-05 09:57:49 xbello

我解决了这个问题。也许可能不是聪明的方式。总是欢迎简单的答案或解决方案。对于给定链写PDB，请按照此线程这是完全写入 - How to extract chains from a PDB file?

此外，获得使用这段代码

chain_ids = [] 
struct = self.parser.get_structure("6CHY", "./6CHY.pdb") 
chains = struct[0] # I need only X-RAY structures 
for chain in chains: 
    chain_ids.append(chain.get_id())

请附上这些代码行的所有连锁How to extract chains from a PDB file?

来源

2014-09-05 02:37:41 Exchhattu

如何从PDB文件中提取所有链？

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