R将字母转换为整个数据框中的数字

我在将数字转换为字母的所有数据框的列上应用chartr()函数时遇到问题。R将字母转换为整个数据框中的数字

我在单列上管理它，但我希望能够在整个数据框上完成它。这是我的数据的一个示例：

ID = c(1,2,3) 
POS1 = c('AG','GC','TT') 
POS2 = c('GT','CC','TC') 
POS3 = c('GG','CT','AT') 
DF = data.frame(ID,POS1,POS2,POS3) 

DF$POS1X <- chartr('ACGT','1234',DF$POS1) 

    ID POS1 POS2 POS3 POS1X 
1 1 AG GT GG 13 
2 2 GC CC CT 32 
3 3 TT TC AT 44

如从代码看出，我想甲C G转换为1，2，3，和T 4。我有40+列和从而重复相同的命令如上40+次将是不切实际的（尤其是如果我遇到同样的问题，后来就用说几百列）

Sincerily， YKL

来源

2014-12-26 ykl

为什么不使用lapply？

DF2 <- DF ## to not overwrite the original DF 
DF2[-1] <- lapply(DF2[-1], chartr, old = "ACGT", new = "1234") 
DF2 
# ID POS1 POS2 POS3 
# 1 1 13 34 33 
# 2 2 32 22 24 
# 3 3 44 42 14

现在您有两个等效列名的数据框，我发现比旧数据附加新列更容易比较。特别是当有许多列时。

来源

2014-12-26 19:43:30

> cbind(DF, setNames(lapply(DF[-1], chartr, old='ACGT', new='1234'), 
         paste0("POS", 1:(length(DF)-1),"X")) ) 
    ID POS1 POS2 POS3 POS1X POS2X POS3X 
1 1 AG GT GG 13 34 33 
2 2 GC CC CT 32 22 24 
3 3 TT TC AT 44 42 14

来源

2014-12-26 19:43:40

使用dplyr

library(dplyr) 
DF %>% mutate_each(funs(chartr("ACGT", "1234", .)))

你得到：

ID POS1 POS2 POS3 
1 1 13 34 33 
2 2 32 22 24 
3 3 44 42 14

来源

2014-12-27 01:24:02

你也可以使用mgsub从qdap

library(qdap) 
DF[paste0('POS', 1:3,'X')] <- mgsub(c('A', 'C', 'G', 'T'), 1:4, 
       as.matrix(DF[-1])) 
DF 
# ID POS1 POS2 POS3 POS1X POS2X POS3X 
#1 1 AG GT GG 13 34 33 
#2 2 GC CC CT 32 22 24 
#3 3 TT TC AT 44 42 14

来源

2014-12-27 03:26:40 akrun

R将字母转换为整个数据框中的数字

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