如何在R中使用以下数据框绘制无向网络？

> nodes1 <- c('A','B','C') 
> nodes2 <- c('S','C','B') 
> values <- c(1.0,0.45,0.44) 
> data <- data.frame(nodes1,nodes2,values)

上面的数据框有三列。前两列表示节点，第三列表示它们之间的权重。这是一个无向图。我查了一下networkD3软件包的文档，但找不到一个简单的方法来做到这一点。如何在R中使用以下数据框绘制无向网络？

感谢您提前！

来源

2016-10-28 adhok

我认为你可以使用igraph，边的宽度由数据框中列的值决定。

library("igraph") 
graph <- make_graph(t(data[,c("nodes1" , "nodes2")]), directed = F) 
E(graph)$weight <- data$values 
plot.igraph(graph, edge.width=E(graph)$weight)

来源

2016-10-28 07:52:53

要使用forceNetwork()功能networkD3，你需要链接一个数据帧和节点一个数据帧。使用您的载体上面，你可以创建适当的数据帧，并将它们传递给forceNetwork()像这样...

library(networkD3) 
nodes <- data.frame(id = unique(c(nodes1, nodes2)), group = 1) 
links <- data.frame(source = match(nodes1, nodes$id) - 1, 
        target = match(nodes2, nodes$id) - 1, 
        value = values) 
forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes, Source = 'source', Target = 'target', 
      Value = 'value', NodeID = 'id', Group = 'group')

的nodes数据帧需要一列的每个节点的“身份证”或名称，以及一个列每个节点的组（如果它们没有分组，则可以将其设置为1）。运行上述代码之后，nodes数据帧看起来像这样：

id group 
1 A  1 
2 B  1 
3 C  1 
4 S  1

的links数据帧需要1行用于每一个链路/边缘，和一列的链接的“源”，一列对于每个链接的“目标”，以及对于每个链接的“值”的一列。 “源”和“目标”值等于它们引用的数据框中的节点索引，但它们必须为零索引才能与底层JavaScript配合使用。运行上面的代码后，links数据帧看起来像这样...

source target value 
1  0  3 1.00 
2  1  2 0.45 
3  2  1 0.44

来源

2017-03-24 15:41:15

如何在R中使用以下数据框绘制无向网络？

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