的R - 参数在命令行错误

假设我有一个数据帧，看起来像这样：的R - 参数在命令行错误

SNP Frequency 
A  20 
B  50 
C  7

（真正的数据帧当然有更多的行。）

我想怎么办将一些参数传递给命令行，这将允许我在命令行中设置输入数据帧和频率。这是我曾尝试：

args = commandArgs() 
df <-args[1] 
freqsub <- subset(df, args[2],header=TRUE)

在args[2]部分我通常具有的Frequency > somenumber

我知道如何去解决它，当我有df <- args[1]，但args[2]没有。

$ Rscript sumtest.R test.txt Frequency>20 

"Error in subset.default(df, args[2], header = TRUE) : 
    argument "subset" is missing, with no default 
Calls: subset -> subset.default 
Execution halted"

任何想法？如果需要更多信息，很高兴编辑（我无法确定是否是这种情况，对不起）。

来源

2016-02-18 Gotmadstacks

我认为你必须使用选项trailingOnly = TRUE：

args = commandArgs (trailingOnly = TRUE)

否则ARGS [1] ARGS [2]不是你期待什么？

随着trailingOnly = FALSE你在得到args的第一个职位是关于R进程如何运行的信息。

你可以这样做：

print (args)

在你的shell，看看有什么是你真正在args矢量拥有。

除此之外“频率> 20”将在args [2]作为一个字符...所以你必须处理它，如果你想有作为subset函数的参数。

在这种情况下，我只会将数字作为参数读入args [2]。然后，你可以这样做：

subset(df, Frequency > as.numeric (args[2]), header=TRUE)

所以按照你的意见我会做2个R脚本：

第一个只是为了确保您阅读的正确的参数为：

args = commandArgs (trailingOnly = TRUE) 
myfile = args[1] 
myfreq = as.numeric (args[2]) 
print (myfile) 
print (myfreq)

这你必须在你的shell中运行它：

Rscript script1.R file.txt 5

，你应该得到这样的输出：

file.txt 
5

在你的第二个脚本做：

myfile = "file.txt" 
myfreq = 5 

## and all computations you need 
df = read.table (myfile, ... 
subset(df, myfreq, ...)

调试第二个文件（交互），直到它的工作原理，然后更改前两行：由（3）第一个文件中的commandArgs行。

来源

2016-02-18 16:33:12 dmontaner

感谢您的建议。我试了一下你的建议，并得到了这个问题：有50个或更多的警告（使用警告（）看到的第一个50）警告消息：在EVAL（表达式，ENVIR，enclos）：来港受到胁迫同时推出，我可以问你在哪里打印（参数）检查？当你说shell时，我认为它是这一行： '$ Rscript sumtest.R test.txt 20' – Gotmadstacks

我认为你应该首先尝试在R交互式会话中调试代码中的分析部分，然后将脚本转换为使用commandArgs可执行文件。这个问题似乎与你正在处理的数据或你如何做的更相关。 – dmontaner

'print（args）'你可以把它放在适合你的任何地方，或者更方便你使用。这只是为了确保你正在阅读... – dmontaner

的R - 参数在命令行错误

回答

相关问题