2017-09-27 19 views
0

我想手动安装pysam,因为我在没有互联网连接的集群上工作,而且我没有管理员权限(因此通过conda做到这一点是不可能的,我曾尝试过)。我已经从开发人员的存储库(https://github.com/pysam-developers/pysam/archive/master.zip)下载了所有压缩文件,然后将它们传输到群集中的我的目录中。手动安装pysam错误:“ImportError:No module named version”

我已经运行(如说明https://github.com/pysam-developers/pysam/blob/master/INSTALL表示)试图从解压缩存储库中手动安装:

python path/to/pysam-master/setup.py build 

,但我得到了以下错误:

# pysam: cython is available - using cythonize if necessary 
Traceback (most recent call last): 
    File "path/to/pysam-master/setup.py", line 166, in <module> 
    import version 
ImportError: No module named version 

线165,166 setup.py文件中的167个是:

165. sys.path.insert(0, "pysam") 
166. import version 
167.version = version.__version__ 

Unfort非常地,我的知识只带走了我至今。是否有必要修改setup.py文件?

我的系统规格:

  • 的Python 2.7.13 ::蟒蛇,公司
  • CentOS版本6.5
  • Linux的2.6.32-431.20.5.el6.x86_64
+0

此安装程序不安装依赖项,您必须手动安装它们,因为您没有Internet。 – dalonlobo

+0

为了问题的缘故,您是否伪造了setup.py文件的路径,或者您是否真的在运行'python path/to/pysam-master/setup.py build'? –

+0

我只运行python path/to/pysam-master/setup.py build –

回答

1

version.py位于path/to/pysam-master/pysam中。该脚本使用操作系统的模块导入之前到pysam目录添加到环境的工作目录:

sys.path.insert(0, "pysam") 

所以,这个特定的问题,应通过更换“pysam”在

sys.path.insert(0, "pysam") 
解决

与pysam目录的完整路径。

+0

安装运行,直到它崩溃:error:command'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'失败,退出状态为1 –

+0

我会将此到一个单独的问题 –

+0

由于塞尔吉奥还没有回答,如果你还没有找到答案:请尝试在“setup.py build”调用中明确更改活动目录,因此只需输入命令“setup .py build“ – Sudix