pysam

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我想在python 3.4上安装pysam和pybedtools模块。但我得到一个错误： Collecting pysam Using cached pysam-0.9.0.tar.gz Complete output from command python setup.py egg_info: '.' is not recognized as an internal

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重定向标准输出当使用pysam模块我想标准输出重定向到一个文件，如下所示文件

： bam=sys.argv[1] samfile = pysam.AlignmentFile(bam, "rb") for alignment in samfile: reverse=isReverse(alignment.flag) if (reverse): outfile = pysam.AlignmentFile("-", "w", template=

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多进程，读取同一文件的各种进程

我想模拟一些dna-sequencing读取，并且为了加速代码，我需要并行运行它。基本上，我想要做的是以下几点：我从人类基因组中取样读取，并且我认为从多处理模块的两个过程中的一个尝试从相同的文件（人类基因组）中获取数据进程被破坏，无法获得所需的DNA序列。我尝试过不同的事情，但我对并行编程非常陌生，并且我无法解决我的问题当我使用一个内核运行脚本时，它工作正常。这是我调用该函数 if __nam

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Python消费一对迭代器

我想了解Python的迭代器在pysam module的上下文中。通过在所谓的AlignmentFile类上使用fetch方法，可以获得由来自文件file的记录组成的正确的迭代器iter。我可以使用各种不同的方法来访问每个记录（迭代器），比如名字与query_name： import pysam iter = pysam.AlignmentFile(file, "rb", check_sq=Fa

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在Anaconda更新软件版本

我已经在我的Ubuntu 14.04上使用Anaconda安装了python和许多其他有用的工具。我安装使用 conda install pysam 然而，这将安装旧版本（0.6）pysam（htslib接口蟒蛇）。当前版本是0.8.4。我如何使用conda安装该版本。我不想使用pip install pysam，因为我在某处可能会导致问题。谢谢。

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Samtools pysam队友

我正在使用pysam对.bam文件进行圆顶数据挖掘。我想检查一个阅读是否有映射队友。如果队友没有被映射命令 mate = samfile.mate(read1) 抛出一个错误，所以如果我做 if samfile.mate(read1): ... 抛出一个错误，太。任何其他方式来检查读取是否有映射队友？谢谢。

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如何缓存读取？

我正在使用python/pysam来分析测序数据。在其教程（pysam - An interface for reading and writing SAM files）的命令队友说： '这种方法对于高吞吐量处理太慢。如果读取需要使用它的队友进行处理，那么可以使用读取的名称排序文件，或者更好的办法是缓存读取。你会如何“缓存读取”？

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手动安装pysam错误：“ImportError：No module named version”

我想手动安装pysam，因为我在没有互联网连接的集群上工作，而且我没有管理员权限（因此通过conda做到这一点是不可能的，我曾尝试过）。我已经从开发人员的存储库（https://github.com/pysam-developers/pysam/archive/master.zip）下载了所有压缩文件，然后将它们传输到群集中的我的目录中。我已经运行（如说明https://github.com/p

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无法执行'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'：没有这样的文件或目录（pysam安装）

我试图安装pysam。 excecuting后：产生 python path/to/pysam-master/setup.py build 此错误： unable to execute 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc': No such file or directory error: command 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu

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使用Pysam在特定位置访问Bam文件

我有给定的染色体编号和位置（chr1和位置1599812）。我想使用python的pysam模块来访问bam文件，以获得只读取特定区域chr1和位置1599812的读取数字信息。我尝试过使用pileup()，但它需要一系列位置，而在我的情况下，我只想要特定位置，而不是一个这样的范围。