Java和R集成

Question

我正在尝试构建一个包含R代码的java项目。主要逻辑背后是我想在同一个项目中自动化数据结构和数据分析。部分我能够做到这一点。我将R连接到Java，并且我的R代码运行良好。我在本地机器上完成了所有设置，并根据需要为其提供所有输出。由于数据集很大，我试图在亚马逊服务器上运行这个数据集。但是当我将它转移到服务器时，我的项目无法正常工作。它无法执行library(XLConnect), library(rJava)。当我在我的java项目中调用这两个库时，它会崩溃。独立的R代码正在运行并给我输出。我能为此做什么，以及如何解决这个错误。请帮我解决这个问题。

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我的Java代码是

import java.io.InputStreamReader; 
import java.io.Reader; 


public class TestRMain { 

    public static void main(String[] arg)throws Exception{ 

     ProcessBuilder broker = new ProcessBuilder("R.exe","--file=E:\\New\\Modified_Best_Config.R"); 
     Process runBroker = broker.start(); 

     Reader reader = new InputStreamReader(runBroker.getInputStream()); 
     int ch; 
     while((ch = reader.read())!= -1) 
      System.out.print((char)ch); 
     reader.close(); 

     runBroker.waitFor(); 

     System.out.println("Execution complete"); 

    } 
} 

而在Modified_Best_Config.R我写这些代码

library('ClustOfVar'); 
library("doBy"); 
library(XLConnect) 
#library(rJava) 
#library(xlsx) 

path="E:/New/"; 


############Importing and reading the excel files into R############## 

Automated_R <- loadWorkbook("E:/New/Option_Mix_Calculation1.xlsx") 

sheet1 <- readWorksheet(Automated_R, sheet = "Current Output") 
sheet2 <- readWorksheet(Automated_R, sheet = "Actual Sales monthly") 
sheet3 <- readWorksheet(Automated_R, sheet = "Differences") 


#####################Importing raw Data############################### 

optionData<- read.csv(paste(path,"ModifiedStructureNewBestConfig1.csv",sep=""),head=TRUE,sep=","); 


nrow(optionData) 
optionDemand=sapply(split(optionData,optionData$Trim),trimSplit); 
optionDemand1=t(optionDemand[c(-1,-2),]); 
optionDemand1 

################Calculating the equipment Demand#################### 

optionDemand2<-t(optionDemand2[c(-1,0)]); 

Rownames <- as.data.frame(row.names(optionDemand2)) 

writeWorksheet(Automated_R,Rownames, sheet = "Current Output", startRow = 21, startCol = 1) 
writeWorksheet(Automated_R,optionDemand2, sheet = "Current Output", startRow = 21, startCol = 2) 
saveWorkbook(Automated_R) 

但Java是，这些行后停止工作。

library("doBy"); 

整套代码在本地机器上运行良好。但是，无论何时我试图在亚马逊服务器上运行它都没有运行。单独在R中，此代码在服务器上运行。我有更多的R代码运行没有任何错误。我能做些什么，请帮助我。

Answer 1

感谢您使用一些示例代码更新您的问题。我无法完全复制您的情况，因为我目前不能立即访问Amazon EC2，并且我不知道您使用的具体类型的实例。但是，这里有几个建议来解决你的问题，我有一个预感是由缺少的软件包引起的。

1.尽量通过您的[R脚本

安装问题的包在你的[R脚本的一开始，你尝试加载任何包之前，插入以下内容：

install.packages(c("XLConnect", "rJava")) 

如果您的实例包含指定的CRAN镜像（实质上是R将首先从其下载软件包源代码的在线存储库），则此应将安装在相同的仓库中，其中您的其他软件包保存在您的服务器上。然后，library或require应加载您的包。

（旁注：rJava实际上是XLConnect的依赖，所以它会自动加载无论如何，如果你只指定library(XLConnect)）

2.如果以上不工作，尝试通过命令行安装包

这实际上是@Ben建议他的评论。或者，请参阅可能的this link，它处理与不同软件包相似的问题。如果可以的话，在服务器端，我会尝试进入以下三个命令：

sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter 
sudo apt-get update 
sudo apt-get install r-cran-XLConnect 

在我的经验，这是一个很好的去到回购的时候，我似乎无法找到一个包，我需要安装。但是，您可能会也可能没有权限在您的服务器实例上安装软件包。