R包“rgl”无法安装

Question

我在安装包'rgl'时遇到问题。

我也很好奇打印的g ++ DNDEBUG消息（每次安装新软件包时都会出现这些消息）。

这里是打印输出，当我尝试install.packages（ “RGL”）：

* installing *source* package ‘rgl’ ... 
** package ‘rgl’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
checking for gcc... gcc -std=gnu99 
checking whether the C compiler works... yes 
checking for C compiler default output file name... a.out 
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no 
checking for suffix of object files... o 
checking whether we are using the GNU C compiler... yes 
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes 
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed 
checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E 
checking for gcc... (cached) gcc -std=gnu99 
checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes 
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... (cached) yes 
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... (cached) none needed 
checking whether __attribute__((visibility())) is supported... yes 
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -fvisibility... yes 
checking whether accepts -fvisibility... no 
checking for libpng-config... yes 
configure: using libpng-config 
configure: using libpng dynamic linkage 
checking for X... libraries , headers 
checking GL/gl.h usability... yes 
checking GL/gl.h presence... yes 
checking for GL/gl.h... yes 
checking GL/glu.h usability... yes 
checking GL/glu.h presence... yes 
checking for GL/glu.h... yes 
checking for glEnd in -lGL... yes 
checking for gluProject in -lGLU... yes 
checking for freetype-config... yes 
configure: using Freetype and FTGL 
configure: creating ./config.status 
config.status: creating src/Makevars 
** libs 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c ABCLineSet.cpp -o ABCLineSet.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c BBoxDeco.cpp -o BBoxDeco.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Background.cpp -o Background.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c ClipPlane.cpp -o ClipPlane.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Color.cpp -o Color.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Disposable.cpp -o Disposable.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Light.cpp -o Light.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c LineSet.cpp -o LineSet.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c LineStripSet.cpp -o LineStripSet.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Material.cpp -o Material.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c NULLgui.cpp -o NULLgui.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c PlaneSet.cpp -o PlaneSet.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c PointSet.cpp -o PointSet.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c PrimitiveSet.cpp -o PrimitiveSet.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c RenderContext.cpp -o RenderContext.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Shape.cpp -o Shape.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c SphereMesh.cpp -o SphereMesh.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c SphereSet.cpp -o SphereSet.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c SpriteSet.cpp -o SpriteSet.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c String.cpp -o String.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Surface.cpp -o Surface.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c TextSet.cpp -o TextSet.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Texture.cpp -o Texture.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Viewpoint.cpp -o Viewpoint.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c api.cpp -o api.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c assert.cpp -o assert.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c callbacks.cpp -o callbacks.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c device.cpp -o device.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c devicemanager.cpp -o devicemanager.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c fps.cpp -o fps.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c ftgl.cpp -o ftgl.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c geom.cpp -o geom.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c gl2ps.c -o gl2ps.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c glErrors.cpp -o glErrors.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c glgui.cpp -o glgui.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c gui.cpp -o gui.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c init.cpp -o init.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c par3d.cpp -o par3d.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c pixmap.cpp -o pixmap.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c platform.cpp -o platform.o 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c pretty.c -o pretty.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c render.cpp -o render.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c rglmath.cpp -o rglmath.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c rglview.cpp -o rglview.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c scene.cpp -o scene.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c select.cpp -o select.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c subscene.cpp -o subscene.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c win32gui.cpp -o win32gui.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c win32lib.cpp -o win32lib.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c x11gui.cpp -o x11gui.o 
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -DHAVE_PNG_H -I/home/alex/anaconda2/include/libpng16 -DHAVE_FREETYPE -Iext/ftgl -I/home/alex/anaconda2/include/freetype2 -Iext -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -fvisibility=hidden -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c x11lib.cpp -o x11lib.o 
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o rgl.so ABCLineSet.o BBoxDeco.o Background.o ClipPlane.o Color.o Disposable.o Light.o LineSet.o LineStripSet.o Material.o NULLgui.o PlaneSet.o PointSet.o PrimitiveSet.o RenderContext.o Shape.o SphereMesh.o SphereSet.o SpriteSet.o String.o Surface.o TextSet.o Texture.o Viewpoint.o api.o assert.o callbacks.o device.o devicemanager.o fps.o ftgl.o geom.o gl2ps.o glErrors.o glgui.o gui.o init.o par3d.o pixmap.o platform.o pretty.o render.o rglmath.o rglview.o scene.o select.o subscene.o win32gui.o win32lib.o x11gui.o x11lib.o -lGLU -lGL -L/home/alex/anaconda2/lib -lpng16 -lX11 -L/home/alex/anaconda2/lib -lfreetype -L/usr/lib/R/lib -lR 
installing to /usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs 
** R 
** demo 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rgl', details: 
    call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
    error: unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs/rgl.so': 
    libpng16.so.16: cannot open shared object file: No such file or directory 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed 
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/rgl’ 

The downloaded source packages are in 
     ‘/tmp/Rtmpmv8O2Z/downloaded_packages’ 
Warning message: 
In install.packages("rgl") : 
installation of package ‘rgl’ had non-zero exit status 

和sessionInfo（）：

R version 3.2.3 (2015-12-10) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 
Running under: Ubuntu 14.04.3 LTS 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_CA.UTF-8  LC_NUMERIC=C    
[3] LC_TIME=en_CA.UTF-8  LC_COLLATE=en_CA.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_CA.UTF-8 LC_MESSAGES=en_CA.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_CA.UTF-8  LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    
[11] LC_MEASUREMENT=en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] BiocInstaller_1.20.1 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] tools_3.2.3 tcltk_3.2.3 

和.libPaths（）：

> .libPaths() 
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"  
[3] "/usr/lib/R/library" 

Answer 1

从我们的讨论来看，这似乎是一个权限问题。

行error: unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rgl/libs/rgl.so': ...建议您试图将库安装到您无权写入的文件夹。

您可以：

安装和手动指定install.packages()一个lib（推荐）

使用lib =说法。如果你在Ubuntu上，你的个人图书馆很可能在~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library，如果在64位系统上。

安装作为根

可以作为根（从终端sudo R）运行R和库安装到系统文件夹。

问题与.libPaths（）

好像有一个与您的库路径的问题。如果您从平常账户（即不是sudo）运行.libPaths()，则应先列出您的个人库，并将其作为要安装的软件包的默认位置。因为它似乎缺少可以追加按照这个答案说明你的个人图书馆：https://stackoverflow.com/a/15170774/3022126

（NB：先列出你的个人图书馆，使其默认位置，即.libPaths(c("~/R/...", .libPaths())