7
我尝试使用R包在SVM中应用特征选择(例如,递归特征选择)。我已经安装了支持在LibSVM中进行功能选择的Weka,但是我还没有找到任何SVM或类似语法的例子。一个简短的例子会有很大的帮助。R中的svm特性选择示例
我尝试使用R包在SVM中应用特征选择(例如,递归特征选择)。我已经安装了支持在LibSVM中进行功能选择的Weka,但是我还没有找到任何SVM或类似语法的例子。一个简短的例子会有很大的帮助。R中的svm特性选择示例
caret
包中的函数rfe
为各种算法执行递归特征选择。下面是来自caret
documentation一个例子:
library(caret)
data(BloodBrain, package="caret")
x <- scale(bbbDescr[,-nearZeroVar(bbbDescr)])
x <- x[, -findCorrelation(cor(x), .8)]
x <- as.data.frame(x)
svmProfile <- rfe(x, logBBB,
sizes = c(2, 5, 10, 20),
rfeControl = rfeControl(functions = caretFuncs,
number = 200),
## pass options to train()
method = "svmRadial")
# Here's what your results look like (this can take some time)
> svmProfile
Recursive feature selection
Outer resampling method: Bootstrap (200 reps)
Resampling performance over subset size:
Variables RMSE Rsquared RMSESD RsquaredSD Selected
2 0.6106 0.4013 0.05581 0.08162
5 0.5689 0.4777 0.05305 0.07665
10 0.5510 0.5086 0.05253 0.07222
20 0.5203 0.5628 0.04892 0.06721
71 0.5202 0.5630 0.04911 0.06703 *
The top 5 variables (out of 71):
fpsa3, tcsa, prx, tcpa, most_positive_charge
什么是'大小= C(2,5,10,20)在'这里?这是否意味着功能2,10和20? – Mahsolid
@Mahsolid不,它是将要使用的功能的计数。 rfe会尝试找到在该向量中给出的每个尺寸的最佳模型。查看rfe文档以获取更多详细信息。 –