Bowtie和Sam格式对齐文件的转换

Question

我需要我的对齐文件都是bowtie和samtools格式，以便我可以在稍后的管道中将它们送入不同的程序。有什么方法可以将sam对齐文件转换为bowtie对齐文件，反之亦然？

另一种方法是做两次对齐，并让领结程序以不同的格式输出它。但是，这浪费了太多时间。

Answer 1

我不知道具体的方法，但是我会从bowtie获取SAM，然后转换为bowtie格式，因为SAM拥有所有信息。你可以用简单的命令linux用awk来完成它。