XCMS包装 - 保留时间

Question

是否有一种简单的方法可以从xcmsRaw对象中获取保留时间列表/数组？

示例代码：

xraw <- xcmsRaw(cdfFile) 

因此，例如，从中获取信息：

xraw@env$intensity 

或

xraw@env$mz 

Answer 1

你可以看到槽在您的xcmsRaw实例可用

> slotNames(xraw) 
[1] "env"     "tic"     "scantime"    
[4] "scanindex"    "polarity"    "acquisitionNum"  
[7] "profmethod"   "profparam"    "mzrange"    
[10] "gradient"    "msnScanindex"   "msnAcquisitionNum"  
[13] "msnPrecursorScan"  "msnLevel"    "msnRt"     
[16] "msnPrecursorMz"  "msnPrecursorIntensity" "msnPrecursorCharge" 
[19] "msnCollisionEnergy" "filepath" 

你想要的是xraw@msnRt - 它是vector的numeric。

的env插槽是存储3个变量环境：在class?xcmsRaw类本身

> ls(xraw@env) 
[1] "intensity" "mz"  "profile" 

更多细节。

编辑：如果指定includeMSn = TRUE和输入文件必须在mzXML或mzML，不cdf的msnRt插槽仅填充;如果从?xcmasRaw使用faahKO例子，你会看到，

xr <- xcmsRaw(cdffiles[1], includeMSn = TRUE) 
Warning message: 
In xcmsRaw(cdffiles[1], includeMSn = TRUE) : 
    Reading of MSn spectra for NetCDF not supported 

此外，xr@msnRt只会存储的保留时间为MSN扫描，以n > 1。请参阅xset@rt，其中xset是xcmsSet实例，用于xcms提供的原始/更正的MS1保留时间。

EDIT2：另外，具有与mzR包

> library(mzR) 
> cdffiles[1] 
[2] "/home/lgatto/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.16/faahKO/cdf/KO/ko15.CDF" 
> xx <- openMSfile(cdffiles[1]) 
> xx 
Mass Spectrometry file handle. 
Filename: /home/lgatto/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.16/faahKO/cdf/KO/ko15.CDF 
Number of scans: 1278 
> hd <- header(xx) 
> names(hd) 
[1] "seqNum"     "acquisitionNum"   
[3] "msLevel"     "peaksCount"    
[5] "totIonCurrent"   "retentionTime"   
[7] "basePeakMZ"    "basePeakIntensity"  
[9] "collisionEnergy"   "ionisationEnergy"   
[11] "highMZ"     "precursorScanNum"   
[13] "precursorMZ"    "precursorCharge"   
[15] "precursorIntensity"  "mergedScan"    
[17] "mergedResultScanNum"  "mergedResultStartScanNum" 
[19] "mergedResultEndScanNum" 
> class(hd) 
[1] "data.frame" 
> dim(hd) 
[1] 1278 19 

一去，但你会默认xcms管道之外，如果你走这条路线（虽然斯特芬·诺伊曼，从xcms，不知道mzR很好，很明显）。

最后，如果您想最大限度地获得来自xcms开发人员的反馈，您最好使用xcms online forum的Bioconductor mailing list。

希望这会有所帮助。

Answer 2

很好的答案，但我一直在寻找这样的：

xraw <- xcmsRaw(cdfFile) 
dp_index <- which(duplicated(rawMat(xraw)[,1])) 
xraw_rt_dp <- rawMat(xraw)[,1] 
xrawData.rt <- xraw_rt_dp[-dp_index] 

现在：

xrawData.rt #contains the retention time. 

观察 - >使用MZR包：

nc  <- mzR:::netCDFOpen(cdfFile) 
ncData <- mzR:::netCDFRawData(nc) 
mzR:::netCDFClose(nc) 

ncData$rt #contains the same retention time for the same input !!!