R和cytoscape导入网络

我尝试使用RCytoscape包将网络从R导出到cytoscape。我试图按照文档butfailed。以下是 - 稠的命令：R和cytoscape导入网络

data(liver.toxicity) 
X <- liver.toxicity$gene 
Y <- liver.toxicity$clinic 
toxicity.spls <- spls(X, Y, ncomp = 3, keepX = c(50, 50, 50), keepY = c(10, 10, 10)) 
result<-network(toxicity.spls, comp = 1:3, threshold = 0.8, 
X.names = NULL, Y.names = NULL, keep.var = TRUE, 
color.node = c("mistyrose", "lightcyan"), 
    shape.node = c("rectangle", "circle"), 
    color.edge = c("red", "blue"), 
    lty.edge = c("solid", "solid"), lwd.edge = c(1, 1), 
    show.edge.labels = FALSE, interactive = FALSE) 
    library(RCytoscape) 
    cw <- CytoscapeWindow ("result", graph=makeSimpleGraph()) 
    displayGraph (cw)

而不是导入42个顶点和78层的边缘，它只是导入这些三个边缘和节点被文档中所示的。我不知道是否犯了错误。

来源

2012-09-17 Stacey John

如果“结果”是你的图形，那么这应该工作：

cw <- CytoscapeWindow ("result", graph=result); 
displayGraph (cw)

在你的代码目前的形式 - 这是一个容易犯的错误！ - 您要RCytoscpe显示演示图，其中一个由RCy演示方法制作，'makeSimpleGraph（）'

让我也问一下，为了节省一点麻烦：或许您的网络函数返回graphNEL？

如果您对如何创建graphNEL有任何不确定性，只需在R提示符下键入makeSimpleGraph即可显示制作graphNEL所用的所有代码，包括节点，边和属性。

有意义吗？让我们知道你是否遇到更多困难。

来源

2012-09-17 16:29:36

非常感谢。这是一个简单的错误。 –

R和cytoscape导入网络

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