使用cmd和Python在Cytoscape中打开一个网络文件

所以我有一个python脚本生成一个networkx图并将其导出为.graphml，我希望脚本也能够打开cytoscape，并且加载的网络没有任何工作用户部分。我明白了：使用cmd和Python在Cytoscape中打开一个网络文件

cytoscape.bat -N C:\Somepath\with\a\networkx.graphml

它在我使用它时正常工作。一样：

cd "C:\Program Files\Cytoscape_v3.0.0" 
cytoscape.bat

不过，我似乎无法得到任何os.system或subprocess正常运行，我现在的配置是：

p = subprocess.Popen("cytoscape.bat", cwd="C:/Program Files/Cytoscape_v3.0.0") 
stdout, stderr = p.communicate()

但抛出一个文件未找到的异常。

我一直在阅读其他stackoverflow文章和python文档上运行.bats和做cmd操作，并可以获得基本工作。但是，这似乎更复杂一些，我不确定我要去哪里错了！

按照要求我的例外：

未发现不正确的文件路径例外：

Traceback (most recent call last): 
    File "CytoScapeExporter.py", line 219, in <module> 
    p = subprocess.Popen("cytoscape.bat", cwd="\"C:/Program Files/Cytoscape_v3.0 
.0\"") 
    File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 679, in __init__ 
    errread, errwrite) 
    File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 896, in _execute_child 
    startupinfo) 
WindowsError: [Error 267] The directory name is invalid 

Traceback (most recent call last): 
    File "CytoScapeExporter.py", line 219, in <module> 
    p = subprocess.Popen("cytoscape.bat", cwd="C:/Program Files/Cytoscape_v3.0.0 
") 
    File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 679, in __init__ 
    errread, errwrite) 
    File "C:\Python27\lib\subprocess.py", line 896, in _execute_child 
    startupinfo) 
WindowsError: [Error 2] The system cannot find the file specified

稍微不同的JVM错误，就会通过这个代码生成：

os.system("\"C:/Program Files/Cytoscape_v3.0.0/cytoscape.bat\"") 

Error: missing `server' JVM at `C:\Program Files (x86)\Java\jre7\bin\server\jvm. 
dll'. 
Please install or use the JRE or JDK that contains these missing components. 
C:\Program Files\Cytoscape_v3.0.0

来源

2013-07-15 Darkstarone

你能为我们提供完整的例外数据？ – jsalonen

完成，我添加了一个陌生人JVM错误，什么使用os.system调用产生它 – Darkstarone

您是否在cytoscape.bat目录中运行Popen命令？'cwd'在执行命令之前更改目录，但是[文档]（http://docs.python.org/2/library/subprocess .html＃popen-constructor）说：搜索可执行文件时不考虑这个目录，所以**你不能指定相对于cwd **的程序路径。 –

从the documentation：

“如果cwd不是None，t在执行之前，他孩子的当前目录将改为cwd。 请注意，搜索可执行文件时不考虑此目录，因此您无法指定程序相对于cwd的路径。“

你要通过命令subprocess.Popen的完整路径。

来源

2013-07-16 00:21:28

使用cmd和Python在Cytoscape中打开一个网络文件

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