如何在Heatmap中添加行标签（注释）

我有以下脚本用于在Rstudio中使用Heatmap创建热图。一切看起来不错，着色，树状图大小和位置，字体大小，列注释（标签），但我似乎无法添加行标签。如何在Heatmap中添加行标签（注释）

我的数据文件是制表符分隔的文本文件，用标题行（在热图列名），1列有样品名称（我希望这些显示在热图行标签）

这是我的脚本：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("ComplexHeatmap") 
library(ComplexHeatmap) 
filename <- "Data.txt" 

my_data <- read.table(filename, sep ="\t", quote = "", stringsAsFactors =`FALSE,header = TRUE)` 

# Make the heatmap data into a matrix 
# [all rows, columns 2-13] 
# Leave out 1st column (sample names) since they don't not belong in the heatmap 

my_matrix <- as.matrix(my_data[ ,c(2:13)]) 

# Cluster by rows only, not columns 
# Increase dendogram width 
# Change font size to 0.8 

Heatmap(my_matrix, cluster_columns = FALSE, 
     column_names_gp = gpar(cex=0.8), 
     row_hclust_width = unit(3, "cm"))

一切看起来不错，但我的热图上没有行标签（只有列标签）。

来源

2017-09-19 Gene100

很抱歉，这是晚了一点，但你可以打开你的矩阵的行名称：

rownames(my_matrix) <- my_matrix[,1]

然后介绍show_row_names说法：

Heatmap(my_matrix, cluster_columns = FALSE, 
       column_names_gp = gpar(cex=0.8), 
       row_hclust_width = unit(3, "cm") 
       show_row_names = TRUE)

或者你也可以添加行标签作为注释：

ht <- Heatmap(my_matrix, cluster_columns = FALSE, 
       column_names_gp = gpar(cex=0.8), 
       row_hclust_width = unit(3, "cm")) 

ha_row <- rowAnnotation(names = row_anno_text(x = paste(my_matrix[,1]), just = "left", gp = gpar(fontsize = 11)), show_annotation_name = FALSE) 

draw(ht + ha_row)

来源

2017-10-02 10:31:21 KGee

如何在Heatmap中添加行标签（注释）

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