Biopython blastn命令不能在脚本中工作，但从命令行运行

Question

因此，我正在编写一个脚本来运行爆炸查询，此时我对变量进行了硬编码（只是为了确保它们没有被搞乱） 。这是：

blastCLine = NcbiblastnCommandline(query="temp.fasta", db="refseq_rna", outfmt=5, out="test.txt", evalue=0.05) 
stdt, stdr = blastCLine() 
print stdt 
print stdr 

而我什么都没得到，输出文件是空白的，没有错误或任何东西。如果我在命令行上使用blastCLine的blast命令，它将起作用。 如果我在Python环境中使用上面的代码，它可以工作。只是不在我的脚本中工作。

我一直在谷歌搜索，看着吨的例子。从我可以告诉它应该工作。我试过将它改为blastx，并且使用cmd =“blastn”也无济于事。 有什么建议吗？

Answer 1

在这一行中，您将生成带有参数的BLAST命令。如果打印blastCLine，你会看到BLAST命令：

>>> blastCLine = NcbiblastnCommandline(query="temp.fasta", db="refseq_rna", outfmt=5, out="test.txt", evalue=0.05) 
>>> print blastCLine 
blastn -out test.txt -outfmt 5 -query /home/mamun/temp.fasta -db refseq_rna -evalue 0.05 

现在，stdt, stdr = blastCLine()，你是从蟒蛇执行命令。这里发生了什么，你会得到一个新的输出，覆盖test.txt文件中现有的东西。您可以通过删除现有的test.txt文件来检查这一点，并从python shell中再次运行上述两个命令。由于命令成功运行且不会生成任何输出或错误，因此命令成功运行后，stdout和stderr都会获得空字符串。希望解释有助于理解这里发生的事情。如果它不工作，请尝试使用os.system执行它：

>>> import os 
>>> os.system(str(blastCLine))