R - 如何使PCA双曲线更具可读性

Question

我有一组观察23个变量。

当我使用prcomp和双标图绘制我跑的结果为几个问题：

1. 实际情节只占帧（X < 0）的一半，但情节是围绕0，这样的空间一半被浪费了

2. 两个变量clearily称霸的结果，因此所有其他箭头聚集在一起，我看不懂的事情

广告1.我尝试设置xlim和/或ylim，但是我显然做错了，因为当我做这件事情时，情节全部搞砸了。

ad 2.我能不知怎么让箭头标签放得更加分开我可以读它们吗？或者，也许我可以绘制箭头没有两个最长的（放大类型）？

附录：是有可能有双标图绘制的标签以不同的颜色比箭？

另外：如果x轴和y轴不成比例（它们的图表显示x和y上的不同长度的间隔）是否有问题。 我认为这会歪曲天使之间的箭头，这种调整大小不是一个相似性转换。 是否有可能强制双线图保持1：1的宽高比，或者将绘图绘制为矩形而不是正方形？

Answer 1

我认为你可以使用xlim和ylim。另外，请查看?biplot的expand参数。不幸的是，你没有提供任何数据，因此我们需要一些样本数据：

a <- princomp(USArrests) 

下面的只是打电话biplot结果：

biplot(a) 

而现在人们可以“放大“使用xlim和ylim以及使用从?biplot：

012的缩放参数 expand来更仔细地查看”谋杀“和”强奸“

biplot(a, expand=10, xlim=c(-0.30, 0.0), ylim=c(-0.1, 0.1)) 

请注意，顶部和右侧轴不同的缩放由于expand因素。

这是否有助于让您的情节母马可读？

编辑

你还问是否可以有标签和箭头不同的颜色。biplot不支持这一点，你可以做的是复制stats:::biplot.default的代码，然后根据您的需求进行更改（当使用plot，axis和text时，更改col参数）。

或者，您可以使用ggplot作为双标图。在帖子here中，实现了简单的双插槽功能。你可以按如下方式更改代码：

PCbiplot <- function(PC, x="PC1", y="PC2", colors=c('black', 'black', 'red', 'red')) { 
    # PC being a prcomp object 
    data <- data.frame(obsnames=row.names(PC$x), PC$x) 
    plot <- ggplot(data, aes_string(x=x, y=y)) + geom_text(alpha=.4, size=3, aes(label=obsnames), color=colors[1]) 
    plot <- plot + geom_hline(aes(0), size=.2) + geom_vline(aes(0), size=.2, color=colors[2]) 
    datapc <- data.frame(varnames=rownames(PC$rotation), PC$rotation) 
    mult <- min(
     (max(data[,y]) - min(data[,y])/(max(datapc[,y])-min(datapc[,y]))), 
     (max(data[,x]) - min(data[,x])/(max(datapc[,x])-min(datapc[,x]))) 
     ) 
    datapc <- transform(datapc, 
      v1 = .7 * mult * (get(x)), 
      v2 = .7 * mult * (get(y)) 
      ) 
    plot <- plot + coord_equal() + geom_text(data=datapc, aes(x=v1, y=v2, label=varnames), size = 5, vjust=1, color=colors[3]) 
    plot <- plot + geom_segment(data=datapc, aes(x=0, y=0, xend=v1, yend=v2), arrow=arrow(length=unit(0.2,"cm")), alpha=0.75, color=colors[4]) 
    plot 
} 

剧情如下：

fit <- prcomp(USArrests, scale=T) 
PCbiplot(fit, colors=c("black", "black", "red", "yellow")) 

如果你身边有这个功能有点玩，我相信你能弄清楚如何设置xlim和ylim值等。