集群中的混合AMD和Intel节点......考虑因素？

Question

我在我的大学为流体动力学模拟设置了一个小型的256核心计算集群。我们使用的代码是用C和Fortran混合编写的，目前运行在大型超级计算机上很好。

在我们的集群化发展，我们与各16个AMD CPU的16个计算节点。我们还有一个我们想用作“头”或“登录”节点的8核心戴尔盒子。不过，这个盒子是英特尔氙气。

我们想NFS挂载每个用户的主目录登录节点，并限制他们的计算节点的访问。这将要求用户通过登录节点上的mpirun编译和运行他们的程序。我们的问题是：

1. 这是可能的这样的混合CPU系统？或者我们会遇到在英特尔编译和在AMD上执行的问题？
2. 如果这是一个问题，是否有解决方法？我们能以某种方式让用户在计算节点上透明地编译它们的代码，而只登录到登录节点吗？
3. 在具有头节点的集群中，只应通过NFS挂载共享主目录？或者还有其他的目录我们也应该在计算和头节点之间共享？

如果有很好的资源可以帮助，我们也会很感激。我们在各种网页上发现了很多建议和想法......指出社区认为有信誉的社区会很高兴。 （免责声明......我们是不是计算机科学家，我们只是普通的科学家。）

Answer 1

Intel和AMD处理器在大型二进制兼容的，虽然也有类似的东西在缓存大小差异和指令调度，可能导致子如果代码是针对英特尔进行优化编译的，则可以在AMD上优化运行特定代码，反之亦然。两家供应商实施的指令集存在一些差异，但这些差异在科学计算中通常不是非常有用。

由于（1）是不成问题的，一个不需要一种解决方法。仍然需要注意的是，一些编译器默认启用了处理器的指令集和优化，编译代码在该处理器上进行。因此，当头节点使用来自不同供应商或甚至来自同一供应商的CPU时，编译器选项必须格外小心。英特尔的编译器套件尤其如此，而默认情况下GCC的攻击性较差。另一方面，通常可以指示编译器针对哪些体系结构并进行优化，例如，通过向GCC提供适当的-mtune=...选项。

对于共享文件系统，它取决于你的数据存储是如何组织的。并行应用程序通常需要访问所有级别的相同文件（例如配置文件，数据库等），因此需要共享家庭和工作文件系统（除非使用家庭文件系统作为工作文件系统）。您也可能想分享诸如/opt（或存储群集范围软件包的任何位置）以简化群集管理。

这是很难给你指向一个明确的来源，因为有许多“最佳实践”为世界各地的群集安装。只要坚持一个工作设置，并迭代调整它，直到达到收敛。安装TORQUE是一个好的开始。