创建彩色矩阵R中

说我已经创建了一个测试矩阵4 * 4矩阵：创建彩色矩阵R中

varieties = c("A", "B", "C", "D") 
matVar = matrix(c(1,5,3,4,8,5,2,8,9,4,6,5,3,7,3,2), nrow = length(varieties), ncol = length(varieties))

我有一个矩阵，如下所示：

 [,1] [,2] [,3] [,4] 
[1,] 1 8 9 3 
[2,] 5 5 4 7 
[3,] 3 2 6 3 
[4,] 4 8 5 2

如何创建一个R中的热图图像使得行和列被命名为品种（A，B，C，D），并且颜色按该品种组合之间的值进行分级？

我曾尝试以下：

library(reshape2) 
library(ggplot2) 
tdm <- melt(matVar) 

ggplot(tdm, aes(x = varieties, y = varieties, fill = factor(value))) + 
    labs(x = "Variety", y = "Variety", fill = "Value") + 
    geom_raster()

并且得到错误：

Error: Aesthetics must either be length one, or the same length as the dataProblems:varieties, varieties

任何建议表示赞赏！

来源

2014-04-25 LanneR

'heatmap（matVar）'？或者你寻找一个* ggplot2 *解决方案？在这种情况下，请用* ggplot2 *标签标记您的问题。 – sgibb

是这样的吗？

enter image description here

library(reshape2) 
library(ggplot2) 
df <- data.frame(id=varieties,matVar) 
colnames(df)[2:ncol(df)] <- varieties 
gg <- melt(df, id="id") 
ggplot(gg, aes(x=id,y=variable,fill=value))+ 
    geom_tile()+ 
    scale_fill_gradient(low="#FFFF88",high="#FF0000")+ 
    coord_fixed()

注：

coord_fixed()使用这样的砖是正方形。
scale_fill_gradient(...)用于将填充颜色设置为黄色 - 红色。其他选项查看scale_fill_gradientn(...)和scale_fill_gradient2(...)的文档。

来源

2014-04-25 19:14:40 jlhoward

传递给aes()的值需要在你的数据表匹配的列名 - 在这种情况下，使用Var1和Var2（由melt()默认生成的变量名），而不是variables：

ggplot(tdm, aes(x = Var1, y = Var2, fill = factor(value)) + 
    labs(x = "Variety", y = "Variety", fill = "Value") + 
    geom_raster()

如果你想要一个连续的颜色渐变而不是离散的颜色，只需使用value而不是factor(value)。

来源

2014-04-25 17:56:54 mmk

创建彩色矩阵R中

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