Mpdboot：弃用警告

我想使用mpdboot命令来启动4个处理器来运行我的MPI程序。我创建了一个包含4个节点（75,77,79和80）的mpd.hosts文件。他们每个人都运行python 2.3.4。我还修改了bashrc和cshrc文件，以确保变量包含编译器库目录的路径。我还设置了mpd.conf文件并检查它是否具有rw（600）权限。Mpdboot：弃用警告

我抄输出屏幕下方，当我运行mpdboot

[N @心脏] $ mpdboot -n 4 -r SSH

：38：弃用警告：popen2模块已被弃用。使用子流程模块。

Ñ@ 75的密码：XXX

Ñ@ 77的密码：XXX

Ñ@ 79的密码：XXX

Ñ@ 80的密码：XXX

mpdboot_heart.int（err_exit 526 ）：mpd无法在heart.int上正确启动

原因：0：来自mpd /opt/intel/mpi/2.0/bin/mpd.py:85的无效端口：DeprecationWarning：md5模块为depreca泰德;使用hashlib代替

杀

第2部分：

我也登录到一个节点，并试图运行mpdboot。这里是通过执行输出

[N @ 79〜] $ mpdboot -n 4 -r SSH

Ñ@ 75的密码：XXX

Ñ@ 77的密码：XXX

Ñ @ 79的密码：XXX

ñ@ 80的密码：XXX

mpdboot_79_0（mpdboot 499）：已在1 75 MPD（引导）启动过程中检测到的问题;输出：

权限被拒绝，请重试。

N - [75密码：权限被拒绝，请重试。

Ñ@ 77的密码：mpdboot_79_0（mpdboot 515）：已经在2 77 MPD（引导）启动过程中检测到的问题;输出：

权限被拒绝，请重试。

权限被拒绝（公钥，GSSAPI与 - 麦克风，密码）。

N - [77密码：权限被拒绝，请重试。

权限被拒绝（公钥，GSSAPI与 - 麦克风，密码）。

我该怎么处理这件事？

来源

2011-07-06 Ashmohan

的几点：

你真的don't want to use MPD了。该流程管理器已被弃用，并被hydra process manager取代。
您必须使用旧版本的MPD（旧版MPICH2），因为AFAIK所有这些弃用警告在1.1版本中都是固定的。我怀疑你实际上是在运行Python 2.3.4，因为我认为这些警告是在2.6版本中添加到Python中的。
对于“第2部分”，您的ssh配置很差。您需要确保无密码ssh（使用ssh密钥）在所有主机之间正常工作。即使您切换到hydra进程管理器，这也是必要的，但在这种情况下您可能会收到更好的错误消息。

来源

2011-07-06 16:27:07

谢谢戴夫。当我这样做时，ssh python -V，它确实给了我2.3.4。另外，就上述问题而言，如何将我的iccvars.sh，bashrc或cshrc文件链接起来可能会造成问题？我可以发布这些内容和路径，如果这可能有助于阐明一些光明。 – Ashmohan

尝试更新MPICH2（1.4）的[当前版本]（http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/index.php?s=downloads）并使用hydra。这将完全避免python和MPD问题（不再需要mpdboot步骤）。尽管如此，您仍然需要解决无密码的ssh问题。 –

太棒了！谢谢！所以，一旦我有这个......下一步是什么？我有一个MPI应用程序可以运行。我已经用4个处理器在单个节点上测试过它。我使用mpirun命令来提交我的工作。这整个努力是我试图使用更多的节点......因此，一旦安装了MPICH（1.4），在我提交工作之前需要注意的事项是什么？ – Ashmohan

是mpdboot兼容这样的版本的python？这是古老的，我甚至不知道还有什么发行版仍然发货2.3。你用2.7试过了吗？

来源

2011-07-06 00:28:41 Daenyth

如何检查兼容性？我正在使用“Intel MPI Library for Linux * OS入门指南”，它说我必须验证已安装的Python版本是2.2或更高版本。我目前安装的是2.3.4 – Ashmohan

@Ashmohan：这似乎表明它被支持。在这一点上，你应该看看你的代码并检查那里的错误。弃用警告（大多数情况下）是无害的 - 它们只是表示您要调用的函数可能会在未来的版本中被删除。 – Daenyth

Mpdboot：弃用警告

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