SimpleITK：tif到numpy数组并返回到tif使文件大小更大

我在python 2.7 Anaconda上使用simpleITK，我做了一个测试，读取一个大的tif文件（大约2Gb），将其转换为numpy数组，将其转换回numpy数组tif和保存在磁盘上，新文件大约是4Gb（我尝试了2种不同的方式保存，但结果相同）。数据类型在每一步都是一样的，任何想法为什么会发生？谢谢！。 :)SimpleITK：tif到numpy数组并返回到tif使文件大小更大

import SimpleITK as sitk 

p1 = sitk.ReadImage('my_image.tif') #read image 
# print properties 
print 'Width ',p1.GetWidth() 
print 'Height ',p1.GetHeight() 
print 'Depth ',p1.GetDepth() 
print 'Dimension ',p1.GetDimension() 
print 'Pixel Id Value ',p1.GetPixelIDValue() 
print 'Pixel ID Type ',p1.GetPixelIDTypeAsString() 
print 'Size ',p1.GetSize() 
print '__________ ' 
p1_np = sitk.GetArrayFromImage(p1) #get numpy array from Image 
print 'Array type ',p1_np.dtype #print array type 
print '__________ ' 
p1_np_img = sitk.GetImageFromArray(p1_np) #get image from array 
# print properties 
print 'Width ',p1_np_img.GetWidth() 
print 'Height ',p1_np_img.GetHeight() 
print 'Depth ',p1_np_img.GetDepth() 
print 'Dimension ',p1_np_img.GetDimension() 
print 'Pixel Id Value ',p1_np_img.GetPixelIDValue() 
print 'Pixel ID Type ',p1_np_img.GetPixelIDTypeAsString() 
print 'Size ',p1_np_img.GetSize() 

sitk.WriteImage(p1_np_img,'my_image_test_a.tif') #save new image 
sitk.WriteImage(sitk.Cast(p1_np_img,sitk.sitkUInt16),'my_image_test_b.tif') #save new image 

print "End "

的结果是这样的：

来源

2016-11-08 CarlosG

如果我复制了与您所写的相同的指令，输出图像的尺寸是3，而不是2在后。 – Jalo

是否为您的输入图像启用了任何类型的压缩？ – blowekamp

感谢您的意见。我猜维度是2，因为我使用的是灰度图像。我没有检查原始图像的压缩，可能是的，现在检查是否可以保存为压缩的tif。 – CarlosG

原始图像被压缩（LZW压缩），并simpleITK上传并保存其原始大小。我在WriteImage中使用了'useCompression'= True选项，但图像的大小几乎相同3.8 Gb。因此我需要在SimpleITK之外使用超出本文讨论的压缩方法。无论如何，感谢您的意见。 WriteImage（Image image，std :: string const & fileName，bool useCompression = False）

来源

2016-11-11 05:26:28 CarlosG

SimpleITK：tif到numpy数组并返回到tif使文件大小更大

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