biopython FeatureLocation比较

Question

我使用biopython来完成一个简单的任务：从特定的基因库填充，提取基因ID和相关信息到表中。

当我试图比较来自不同SeqFeature的Seq.SeqFeature.SeqFeature.location时，它每次都给我False。即使在以下情况：

from Bio.SeqFeature import FeatureLocation 
    location1 = FeatureLocation(0,0,strand = 1) 
    location2 = FeatureLocation(0,0,strand = 1) 
    print(location1 == location2) # will print False 

只有这样才能给我想要的结果：

print(location1.start == location2.start and location1.end == location2.end and location1.strand == location2.strand) # will print True. 

问题解决了这个样子，但我仍然徘徊，这是否是由设计出于某种原因或比较方法还没有建成。

下面是为什么我来解决这个问题的过程：

• 首先，我只提取自GenBank文件feat.type == 'CDS'信息，发现 所有伪基因丢失。

• 于是我想出了这个想法在 feat.type == 'gene'记录信息，然后寻找要么'CDS'或 'misc_feature'记录该基因的更多信息。

  这产生需要确认'CDS'或'misc_feature' 被的情况下，注释在同一个位置有多个 'misc_feature'标注同一基因的某些域。

Answer 1

我仍然徘徊是否这是由设计出于某种原因或 比较方法只是还没有建在呢。

答案似乎是后者。据我所知，FeatureLocation的__eq__方法应该在2011年添加，但没有实现。甚至其他Biopython对象也注意到它们的源代码注释中缺少对比FeatureLocation对象的能力。

然而，它在source code for the in progress, not yet released Biopython 1.70

即将实施的唯一区别，而你是ref和ref_db领域，其默认为None的比较，所以如果你不使用它们，没问题。

有关更多背景信息，请参见pull request 1309。