使用R或Python的二进制数据的热图

我有一个0和1的二进制数据集，其中0是一个缺席，1是一个事件的存在。使用R或Python的二进制数据的热图

数据集的样本是这样的：

events germany Italy 
Rain  0   1 
hail  1   0 
sunny  0   0

我想用从文件中读取数据，以得到这个数据在热图形式的红色和白色的画面。

来源

2012-05-01 Angelo

[你有什么尝试？]（http://mattgemmell.com/2008/12/08/what-have-you-tried/） – mac

我使用MeV软件，但以某种方式（我认为是因为二进制数据的性质）结果是完全红色或完全白色。 – Angelo

@Angelo我通过标签假设你想看到一个'python'和'R'解决方案。如果是这样，下次请在问题中说明。 – Hooked

随着改造并GGPLOT2 R中

library(reshape) 
library(ggplot2) 

dat <- data.frame(weather=c("Rain","Hail","Sunny"), Germany = c(0,1,0), Italy = c(1,0,0)) 

melt.data<-melt(dat, id.vars="weather", variable_name="country") 

qplot(data=melt.data, 
     x=country, 
     y=weather, 
     fill=factor(value), 
     geom="tile")+scale_fill_manual(values=c("0"="white", "1"="red"))

enter image description here

来源

2012-05-01 16:22:36

不错，谢谢 – Angelo

我怎样才能把输入作为一个文件输入，而不是dat < - data.frame（weather = c（“Rain”，“Hail”，“Sunny”），Germany = c（0,1,0），Italy = c（1,0,0）） this例如，线 – Angelo

。？read.csv或其他读取函数（readLines ...） –

请参阅?image。与您的数据

dat <- data.matrix(data.frame(Germany = c(0,1,0), Italy = c(1,0,0))) 
rownames(dat) <- c("Rain","Hail","Sunny")

这会让我们接近：

image(z = dat, col = c("white","red"))

而且更好地处理轴标签的将是不错...尝试：

op <- par(mar = c(5,5,4,2) + 0.1) 
image(z = dat, col = c("white","red"), axes = FALSE) 
axis(side = 1, labels = rownames(dat), 
    at = seq(0, by = 0.5, length.out = nrow(dat))) 
axis(side = 2, labels = colnames(dat), at = c(0,1), las = 1) 
box() 
par(op)

其中给出

binary heatmap

要具备热图倒过来，转dat（image(z = t(dat), ....)），并在axis()电话，在第二个电话的第一和1改变side到2（和移动las = 1到其他呼叫。即：

op <- par(mar = c(5,5,4,2) + 0.1) 
image(z = t(dat2), col = c("white","red"), axes = FALSE) 
axis(side = 2, labels = rownames(dat2), 
    at = seq(0, by = 0.5, length.out = nrow(dat2)), las = 1) 
axis(side = 1, labels = colnames(dat2), at = c(0,1)) 
box() 
par(op)

来源

2012-05-01 11:56:38

如何读取文件，如问题中的文件，并仍然得到相同的结果。 – Angelo

有关大多数分隔类型，请参阅？read.table。如果您的“文件”更复杂，则有“R数据导入/导出”手册。在CRAN上查找手册。 –

R中尝试：

library(bipartite) 
mat<-matrix(c(0,1,1,0,1,1),byrow=TRUE,nrow=3) 
rownames(mat)<-c("Rain","hail","sunny") 
colnames(mat)<-c("Germany","Italy") 
visweb(mat,type="None")

的红色方块和标签尺寸控制：

visweb(mat,type="None",labsize=2,square="b",box.col="red")

来源

2012-05-01 12:00:45

如何增加字体大小？这是我在做什么1. dat_matrix <-data.matrix（dat）2. tiff（“presenceGene.tiff”）3. visweb（dat_matrix，type =“None”）4. dev.off（）。我得到一个字体非常小的图像 – Angelo

'labsize = 2'将使文本大小为2。尝试不同的大小以获得你想要的东西，即'visweb（mat，type =“None”，labsize = 2）' –

阴谋的大小可以用'plotsize = 12'来控制我认为 –

编辑：针对下面的评论，这里是一个样本数据文件（作为“data.txt”保存在磁盘上）：

Rain 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 
Hail 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 
Sunny 1 1 1 0 1 0 1 0 1 1

在Python中，我们可以读到标签和绘制这个由 “热图”：

from numpy import loadtxt 
import pylab as plt 

labels = loadtxt("data.txt", usecols=[0,],dtype=str) 
A  = loadtxt("data.txt", usecols=range(1,10)) 

plt.imshow(A, interpolation='nearest', cmap=plt.cm.Reds) 
plt.yticks(range(A.shape[0]), labels) 

plt.show() 
import pylab as plt

enter image description here

来源

2012-05-01 13:42:17 Hooked

我怎样才能读取二进制矩阵，而不是键入A = [[0,1]，[1,0]，[0,0]]？ – Angelo

@Angelo是一个文件中的数据，它看起来像什么发布在你的问题？如果是这样，我将编辑我的问题以显示如何从文件读取 - 如果不让我知道您的数据是什么样子的话。因为它表示'A' _is_是一个二进制矩阵（即一个零和一个二维数组）。 – Hooked

它是一种133行4列的相似数据矩阵，列1包含事件，而列2,3,4包含二进制数据（0或1），表示该事件是否发生在该国。 – Angelo

可能基R中最简单的解决方案是：

rownames(dat) = dat$weather 
heatmap(as.matrix(dat[,2:3]), scale='none')

......假设您的数据帧被称为dat。热图并不漂亮，但它快速简单。第一行不是必需的。它仅用于使天气标签显示在热图中。

来源

2015-02-23 10:57:39

使用R或Python的二进制数据的热图

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