在ImageJ（FIJI）宏中设置阈值和批处理

我知道这已经发布到其他地方，并且这不是一个难题，但我很兴奋在FIJI编写宏，并且很难理解各种在线资源中描述的解决方案在ImageJ（FIJI）宏中设置阈值和批处理

我有一系列的图像都在同一个文件夹，并希望对它们应用相同的操作，并将生成的excel文件和图像保存在输出文件夹中。具体来说，我想打开，平滑图像，进行最大强度Z投影，然后将图像阈值设置为相同的相对值。

这个阈值是导致问题的一个步骤。通过相对值，我的意思是我想设置阈值，以便包括强度直方图的相同百分比。目前，在FIJI中，如果您进入图像>调整>阈值，您可以移动滑块，使得图像的某个百分比被阈值化，并且会在打开的窗口中为您显示该值。在我的情况下，98％是我试图实现的目标，例如对数据中除2％以外的所有数据进行阈值分析。

一旦阈值被应用到MIP，我把它转换为二进制并做颗粒分析，并将结果保存（汇总表，结果，图像叠加。

我的方法是尝试和自动化的所有步骤/做批处理，但是我一直很难根据在线的指令来改写我写的东西，而是一直打开目录中的每个图像并应用我编写的宏，然后保存显然这是一个繁琐的方法，所以任何帮助将不胜感激！

我一直在使用我的简单宏：

run("Smooth", "stack"); 
run("Z Project...", "projection=[Max Intensity]"); 

setAutoThreshold("Default"); 
//run("Threshold..."); 
run("Convert to Mask"); 

run("Make Binary"); 
run("Analyze Particles...", " show=[Overlay Masks] display exclude clear include summarize in_situ");

来源

2016-02-14 Miles B

您看过http://imagej.net/How_to_apply_a_common_operation_to_a_complete_directory吗？ * Templates▶IJ1 Macro▶Process Folder *中的脚本编辑器模板特别适用于此任务。一般来说，在[ImageJ论坛]（http://forum.imagej.net/）上最好问这样的问题（特别是[批量处理]（http://forum.imagej.net/tags/batch处理）标签）。 –

可以使用过程▶批▶宏...命令这一点。

有关详细信息，请参阅ImageJ wiki的Batch Processing页面。

来源

2016-02-16 04:06:40 ctrueden

感谢您的提示，批处理模板非常有帮助！有关如何设置阈值的任何建议？我看到有更改阈值方法的选项，即默认，黄，intermodes等，但没有什么地方可以指定特定百分比的直方图？ –

看起来你需要使用一个（有点不平凡的）宏。见例如http://imagej.1557.x6.nabble.com/Threshold-as-a-percentage-of-image-histogram-td3695671.html。尝试将片段粘贴到[脚本编辑器]（http://imagej.net/Using_the_Script_Editor）并运行它们。 – ctrueden

在ImageJ（FIJI）宏中设置阈值和批处理

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