嵌套字典

Question

我正在研究一些类FASTA序列（不是FASTA，但是我已经定义了类似于PISCES服务器的一些淘汰的PDB）。

我有一个问题。我有一小部分名为nCatSeq的序列，其中有多个nBasinSeq。我通过一个大的PDB文件，我想为每个nCatSeq提取相应的nBasinSeq，而不会在字典中出现冗余。下面给出了执行此操作的代码片段。

nCatSeq=item[1][n]+item[1][n+1]+item[1][n+2]+item[1][n+3] 
nBasinSeq=item[2][n]+item[2][n+1]+item[2][n+2]+item[2][n+3] 
if nCatSeq not in potBasin: 
    potBasin[nCatSeq]=nBasinSeq 
else: 
    if nBasinSeq not in potBasin[nCatSeq]: 
     potBasin[nCatSeq]=potBasin[nCatSeq],nBasinSeq 
    else: 
     pass 

我得到以下的答案一个nCatSeq，

'4241': ((('VUVV', 'DDRV'), 'DDVG'), 'VUVV') 

什么，但是我想要的是：

'4241'：（ 'VUVV'， 'DDRV'， 'DDVG'，'VUVV'）

由于以下命令，我不想要所有的额外括号

potBasin[nCatSeq]=potBasin[nCatSeq],nBasinSeq 

（见上面的代码片段）

有没有办法做到这一点？

Answer 1

您可以将其添加为元组：

if nCatSeq not in potBasin: 
    potBasin[nCatSeq] = (nBasinSeq,) 
else: 
    if nBasinSeq not in potBasin[nCatSeq]: 
     potBasin[nCatSeq] = potBasin[nCatSeq] + (nBasinSeq,) 

这样，而不是：

(('VUVV', 'DDRV'), 'DDVG') 
# you will get 
('VUVV', 'DDRV', 'DDVG') # == ('VUVV', 'DDRV')+ ('DDVG',) 

Answer 2

问题是将逗号“追加”一个元素只是每次创建一个新的元组。为了解决这个问题，你使用列表和append：

nCatSeq=item[1][n]+item[1][n+1]+item[1][n+2]+item[1][n+3] 
nBasinSeq=item[2][n]+item[2][n+1]+item[2][n+2]+item[2][n+3] 
if nCatSeq not in potBasin: 
    potBasin[nCatSeq]=[nBasinSeq] 
elif nBasinSeq not in potBasin[nCatSeq]: 
     potBasin[nCatSeq].append(nBasinSeq) 

---

更妙的是，以反而让potBasin正常的字典，用defaultdict替换它。然后，该代码可以简化为：

# init stuff 
from collections import defaultdict 
potBasin = defaultdict(list) 

# inside loop 
nCatSeq=item[1][n]+item[1][n+1]+item[1][n+2]+item[1][n+3] 
nBasinSeq=item[2][n]+item[2][n+1]+item[2][n+2]+item[2][n+3] 
potBasin[nCatSeq].append(nBasinSeq) 

Answer 3

你的问题可以归结为扁平化嵌套列表并删除多余条目：

def flatten(nested, answer=None): 
    if answer is None: 
     answer = [] 
    if nested == []: 
     return answer 
    else: 
     n = nested[0] 
     if is instance(n, tuple): 
      return flatten(nested[1:], nested(n[0], answer)) 
     else: 
      return flatten(nested[1:], answer+n[0]) 

所以，用你的嵌套的字典：

for k in nested_dict: 
    nested_dict[k] = tuple(flatten(nested_dict[k])) 

如果你想消除重复的条目

：

for k in nested_dict: 
    nested_dict[k] = tuple(set(flatten(nested_dict[k]))) 

希望这有助于