块读取不同长度的序列gpu

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我有一个序列长度不同的数组，每个序列以'>'结尾。 seq = [a，b，f，g，c，d，>，b，g，d，> ....]。我计算了每个序列的长度并将其存储在一个名为seq_length = [6,3,5，...]的不同数组中。然后，我使用排他扫描来计算偏移量并将其存储在一个名为offset = [0,6,9，...]的数组中。块读取不同长度的序列gpu

我想要的是让每个块通过使用偏移值从数组seq []中读取一个序列。例如，块0读取从seq [0]开始的序列并在长度= 6时停止，块1读取从seq [6]开始的序列并在长度= 3时停止，然后停止。我如何在CUDA中做到这一点？我如何让每个块读取不同的第i个数组项（array seq []）。

预先感谢您:)

来源

2017-08-26 S.M.K

CUDA已经built-in variables像threadIdx.x和blockIdx.x识别块内的每个线程，也阻断该线程是一种块内的每个线程都将具有相同的blockIdx.x值，但块中的每个线程将具有不同的/唯一的（每个块）threadIdx.x值。

因此，我们可以使用blockIdx.x为每个块选择一个特定的序列。这个变量可以用来选择正确的序列长度以及每个序列/块的偏移量。

我们可以为每个序列项/字符分配一个线程。我们可以使用threadIdx.x来标识每个线程应该选择哪个序列成员。

这里是一个完全样例：

$ cat t405.cu 
#include <stdio.h> 

__global__ void tk(char *seq, int *offsets, int *seq_lengths, int num_seq){ 

    if (blockIdx.x < num_seq) 
    if (threadIdx.x < seq_lengths[blockIdx.x]) 
    printf("block: %d, thread: %d, seq: %c\n", blockIdx.x, threadIdx.x, seq[offsets[blockIdx.x]+threadIdx.x]); 
} 

int main(){ 

    char seq[] = {'a','b','f','g','c','d','>','b','g','d','>','a','b', 'c', 'd', 'e', '>'}; 
    int seq_length[] = { 6, 3, 5 }; 
    int offsets[] = { 0, 7, 11 }; 
    int num_seq = 3; 

    int seq_sz = sizeof(seq); 
    int seq_l_sz = sizeof(seq_length); 
    int off_sz = sizeof(offsets); 

    char *d_seq; 
    int *d_seq_length, *d_offsets; 
    cudaMalloc(&d_seq, seq_sz); 
    cudaMalloc(&d_seq_length, seq_l_sz); 
    cudaMalloc(&d_offsets, off_sz); 

    cudaMemcpy(d_seq, seq, seq_sz, cudaMemcpyHostToDevice); 
    cudaMemcpy(d_seq_length, seq_length, seq_l_sz, cudaMemcpyHostToDevice); 
    cudaMemcpy(d_offsets, offsets, off_sz, cudaMemcpyHostToDevice); 
    tk<<<num_seq, 1024>>>(d_seq, d_offsets, d_seq_length, num_seq); 
    cudaDeviceSynchronize(); 
    cudaError_t err = cudaGetLastError(); 
    if (cudaSuccess != err) printf("cuda error: %s\n", cudaGetErrorString(err)); 
    return 0; 
} 

$ nvcc -arch=sm_61 -o t405 t405.cu 
$ ./t405 
block: 1, thread: 0, seq: b 
block: 1, thread: 1, seq: g 
block: 1, thread: 2, seq: d 
block: 2, thread: 0, seq: a 
block: 2, thread: 1, seq: b 
block: 2, thread: 2, seq: c 
block: 2, thread: 3, seq: d 
block: 2, thread: 4, seq: e 
block: 0, thread: 0, seq: a 
block: 0, thread: 1, seq: b 
block: 0, thread: 2, seq: f 
block: 0, thread: 3, seq: g 
block: 0, thread: 4, seq: c 
block: 0, thread: 5, seq: d 
$

如果您预计超过1024个字符的序列，那么就要修改上面，也许是为了让每个线程处理多个角色，也许在循环。

来源

2017-08-27 01:19:16

块读取不同长度的序列gpu

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