Boxplot层次聚类与Tukey多重比较的方法

Question

我需要测试少量箱图的内容是否显着不同，并将字母代码与每个组相关联。

例如这样的

是否有任何包能够做到这一点的功能？

Answer 1

有对杜克事后比较，你可以随着方差分析运行至少两种不同的功能。

比方说，你的比较是：（而不是Species，你会使用来自hclust()获得的集群ID，并代替Petal.Length你会使用FQI或任何你想在y轴）

f <- as.formula("Petal.Length ~ Species") 

boxplot(f, iris) # here's your boxplot 

fit <- lm(f, iris) 

anova(fit) # the effect of Species is significant 

av <- aov(f, iris) 

在基础R，你可以这样做：

post_hoc <- TukeyHSD(x=av, conf.level=0.95) 
print(post_hoc) 
plot(post_hoc) 

，并寻找重叠组这样（在此例如它们不重叠）。

还有另外一个实现给你你正在寻找的组代码，但我不太熟悉它。

library("agricolae") 
HSD.test(av, "iris$Petal.Length", console=TRUE) 

我不认为我的语法比较正确，因为它没有返回结果，但它应该可以帮助您入门。我想你会在Anova and Tukey's Test on R找到这篇文章有帮助 - 一个类似的例子，更多的解释。

至于如何直接注释箱线图，我想这可以通过将事后分组载体导入ggplot2::geom_text旁边一个geom_boxplot做，但我不知道它可以在基地boxplot()来完成。