Plotting PCA：标记数据点的方法

我可以使用Plot函数。可以使用情节来获得pca结果。但不知道如何根据我的数据点这是rownames(Sample)编号为1至90Plotting PCA：标记数据点的方法

Sample<-read.table(file.choose(),header=F,sep="\t") 
Sample.scaled<-data.frame(apply(Sample_2XY,2,scale)) 
Sample_scaled.2<-data.frame(t(na.omit(t(Sample_2XY.scaled)))) 

pca.Sample<-prcomp(Sample_2XY.scaled.2,retx=TRUE) 

pdf("Sample_plot.pdf") 
plot(pca.Sample$x) 
dev.off()

来源

2012-11-13 Tinu Thomas

@Julius：感谢您的正确的格式 –

[PCA Biplot：一种隐藏向量以清楚地查看所有数据点的方法]的可能重复（http://stackoverflow.com/questions/13367880/pca-biplot-a-way-to-hide-vectors-to-see -all-data-points-显然） – mnel

下面标注这几点做，密谋前两个部分的简单方法：

plot(pca.Sample$x[,1], pca.Sample$x[,2]) 
text(pca.Sample$x[,1], pca.Sample$x[,2], rownames(Sample), pos= 3)

通过顺便说一下，您可以使用常规的设备，看在旅途中的故事情节，然后该设备中的内容复制到PDF：

dev.copy2pdf(file= "something.pdf")

来源

2012-11-13 22:08:48 January

感谢您的代码。我试过上面的代码。但是我的情节仍然没有任何标签。 'rownames（pca.Sample $ x） NULL'这意味着没有rownames，因为rownames（Sample）有rownames 1到90. –

只需使用rownames（Sample）。数据的顺序在两者中都是相同的。您可能希望在图文件中使用pch =“”，这样标签不会叠印符号，或在文本（）中使用pos =参数放置在符号的下方，左侧，上方或右侧。 – dcarlson

@dcarlson：谢谢 –

Plotting PCA：标记数据点的方法

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