graph使用ggord绘制没有环境向量的PCA结果

Question

我使用ggord图形包绘制R Vegan绘制的PCA结果。

我想绘制PCA图形而不添加环境变量。在R素食主义者中，PCA可以被绘制成没有问题，但是在ggord中，相同的图形将不起作用。 ggord文档给出的示例包括用于在PCA图上绘制矢量的环境数据集的代码。我想在ggord中绘制出相同的结果，我可以在没有环境向量的情况下制作素食。

在严格的素食者的代码，使用样品数据集，其产生的排序图的我想：

ord<-rda(varespec, scale = TRUE) 
ord 
plot(ord, scaling=3) 

的ggord documentation使用相同的数据集，以产生相同的曲线图，不同之处在于它包括一个环境数据组：

data(varespec) 
data(varechem) 
ord <- rda(varespec, varechem) 
ggord(ord) 

然而，当我试图重现该图未经环（varechem）数据，R给我一个错误：

ord <- rda(varespec) 
ggord(ord) 

Error in names(obs)[1:2] <- axes : 
'names' attribute [2] must be the same length as the vector [ 

我也试过包括一个虚拟变量，失败并给了我一个不同的错误。

dummy<-rep(0, 24) 
dummy<-as.data.frame(dummy) 

ord<-rda(varespec, dummy) 
ord 
ggord(ord) 

Error in ord_in$CCA$wa[, axes] : no 'dimnames' attribute for array 

是否有可能在ggord中创建没有环境数据的图形，就像素食主义者一样？如果是这样，我该怎么做？

Answer 1

别忘了打字?ggord是找出功能中可用选项的好方法。

试试这个：

library(vegan) 
library(ggord) 

data(varespec) 
data(varechem) 
names(varechem)<-NULL 
ord <- rda(varespec, varechem,scale=TRUE) 
ggo<-ggord(ord,arrow=NULL,ptslab=TRUE,obslab=TRUE) 
ggo 

给出：