2017-02-11 38 views
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Python 3.5.2 |Anaconda custom (64-bit)| (default, Jul 2 2016, 17:53:06) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux 
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. 
>>> from cvxopt import matrix 
>>> 2 * matrix(1.0, (1, 4)) 
Intel MKL FATAL ERROR: Cannot load libmkl_avx.so or libmkl_def.so 

运行上述脚本时,出现英特尔MKL致命错误。在类似错误问题中提到的测试已通过。该测试是将标量与矩阵相乘时出现cvxopt错误

python -c 'import sklearn.linear_model.tests.test_randomized_l1' 

我跑了蟒蛇与LD_DEBUG=symbols,看到下面的错误在日志中

/opt/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/cvxopt/../../../libmkl_avx.so: error: symbol lookup error: undefined symbol: mkl_sparse_optimize_bsr_trsm_i8 (fatal) 

有谁知道如何解决这一问题?我感兴趣的保留MKL选项,而不是一个

注意mkl安装nomkl,并在最新的版本,所以是scikit-learn

回答

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的MKL包在你的Anaconda安装可能丢失。

a)你可以尝试完全升级蟒:

conda upgrade anaconda 

B)另外,您可以明确地安装MKL:

conda install mkl 

我还没查了),但使用B)。在这种情况下,你可能也需要升级sklearn模块:

conda upgrade scikit-learn 
+0

再次阅读问题 – rrao

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我就遇到了这个,而在http://scikit-learn.org/stable/modules/linear_model.html运行的例子。显然一堆库不会自动加载。以下是我目前使用的手动加载,其他可能需要根据您的操作情况而定。对我来说,它确实修复了这个问题中的一个测试用例。

CONDA_LIB=$CONDA_PREFIX/../../lib 
LIBS=$CONDA_LIB/libmkl_intel_thread.so:$CONDA_LIB/libmkl_avx.so:$CONDA_LIB/libmkl_core.so:$CONDA_LIB/libiomp5.so:/lib/libgomp.so 
LD_PRELOAD=$LIBS python