g ++ Rcpp osx上未定义的体系结构x86_64符号

Question

我正在尝试在OSX El Capitain中从C++源文件创建一个dylib文件，以通过Rcpp读入R。下面是我所创建的一个非常简化的例子：

//test.cpp 
#include <Rcpp.h> 

RcppExport SEXP dosum(SEXP _a, SEXP _b){ 
    double a = Rcpp::as<double>(_a); 
    double b = Rcpp::as<double>(_b); 
    return Rcpp::wrap(a+b); 
} 

当我编译使用下面的Makefile一台Linux服务器，提供给我在我的大学上/链接，

CC=g++ 
# note the use of c++14, used to use c++11 

all: test 

test : 
${CC} -DNDEBUG \ 
    -I. \ 
    -I/usr/share/R/include \ 
    -I/server/linux/lib/R/3.0/x86_64/site-library/Rcpp/include \ 
    -I/usr/share/Rcpp_0.12.3/include \ 
    -fpic -O3 -pipe \ 
    -std=c++1y \ 
    -c test.cpp 
${CC} -shared -o test.so test.o 

clean: 
    @find . \(-name "*.o" -o -name "*.so" \) -exec rm {} \; 

我获得所需的test.so文件，然后我可以在R会话期间通过dyn.load('test.so')读入。一旦它被加载，我可以通过dosum(x,y)使用功能dosum()。大。

但我想在我的个人电脑上做OSX El Capitain中的完全相同的事情。我已经尝试了Makefile中的许多变化，而现在使用的，

CC=g++ 

all: temp 

temp: 
    ${CC} \ 
      -I. \ 
      -I/usr/share/R/include \ 
      -I/usr/local/include/Rcpp/Rcpp_0.12.5/inst/include \ 
      -fPIC \ 
      -c temp.cpp 
    ${CC} -dynamiclib *.o -o temp.dylib 

clean: 
    @find . \(-name "*.o" -o -name "*.dylib" \) -exec rm {} \; 

当我运行这个Makefile，我得到以下，

g++ \ 
    -I. \ 
    -I/usr/share/R/include \ 
    -I/usr/local/include/Rcpp/Rcpp_0.12.5/inst/include \ 
    -fPIC \ 
    -c temp.cpp 
g++ -dynamiclib *.o -o temp.dylib 
Undefined symbols for architecture x86_64: 
    "_REprintf", referenced from: 
     Rcpp::Rstreambuf<false>::xsputn(char const*, long) in temp.o 
     Rcpp::Rstreambuf<false>::overflow(int) in temp.o 
    "_R_FlushConsole", referenced from: 
     Rcpp::Rstreambuf<true>::sync() in temp.o 
     Rcpp::Rstreambuf<false>::sync() in temp.o 
    "_R_GetCCallable", referenced from: 
     dataptr(SEXPREC*) in temp.o 
    "_R_NilValue", referenced from: 
     Rcpp::Rcpp_protect(SEXPREC*) in temp.o 
     Rcpp::Shield<SEXPREC*>::~Shield() in temp.o 
    "_Rf_allocVector", referenced from: 
     SEXPREC* Rcpp::internal::primitive_wrap__impl__cast<double>(double const&, Rcpp::traits::integral_constant<bool, false>) in temp.o 
    "_Rf_coerceVector", referenced from: 
     SEXPREC* Rcpp::internal::basic_cast<14>(SEXPREC*) in temp.o 
    "_Rf_length", referenced from: 
     double Rcpp::internal::primitive_as<double>(SEXPREC*) in temp.o 
    "_Rf_protect", referenced from: 
     Rcpp::Rcpp_protect(SEXPREC*) in temp.o 
    "_Rf_unprotect", referenced from: 
     Rcpp::Shield<SEXPREC*>::~Shield() in temp.o 
    "_Rprintf", referenced from: 
     Rcpp::Rstreambuf<true>::xsputn(char const*, long) in temp.o 
     Rcpp::Rstreambuf<true>::overflow(int) in temp.o 
    "_TYPEOF", referenced from: 
     SEXPREC* Rcpp::r_cast<14>(SEXPREC*) in temp.o 
     SEXPREC* Rcpp::internal::basic_cast<14>(SEXPREC*) in temp.o 
ld: symbol(s) not found for architecture x86_64 
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) 
make: *** [temp] Error 1 

也就是说，看来事情越来越乱码在所讨论的变量的前面添加了一个下划线。我究竟做错了什么？我曾尝试添加/删除各种标志，如-fpic，-std=XXX等。

我发现了相关的问题，但它们似乎是原始海报首先混淆了如何使用Rcpp的情况。在这里，我只想在Mac上做我能做的事。我没有理由相信我的Mac上的头文件与Linux上的头文件有根本的区别，但我还没有详细检查过。

FWIW，我可以，只要它们不使用RCPP（例如，一个简单的cout << "hello world" <<endl;功能）创建使用我的Mac同样的方法dylibs，所以也许我RCPP安装莫名其妙地搞砸了。

Answer 1

为什么使用Makefile？

这一切都有效，如果你让R做生意。这里是一到四衬垫（取决于你如何计算）：但是

R> cppFunction("SEXP dosum(SEXP a_, SEXP b_){ 
    double a = Rcpp::as<double>(a_); 
    double b = Rcpp::as<double>(b_); 
    return Rcpp::wrap(a+b); 
}") 
R> dosum(4, 7) 
[1] 11 
R> 

注意的是，我不得不恢复你的无效标识_a, _b为有效a_, b_。

这一切都可以当然也有给出一个班轮的模板转换，我们免费获得的：

R> cppFunction("double dosum2(double a, double b) { return a+b; }") 
R> dosum2(5, 8) 
[1] 13 
R>