在python中绘制3d矢量（阵列）

Question

使用numpy数据包i生成的矢量（数组）包含蛋白质中几个原子的x，y，z坐标。我想绘制这些向量。

有谁知道如何做到这一点？ 由于我便无法画出阵列本身，我试图绘制与一个环的原子的配位如下：

from matplotlib import pyplot as pot 
import matplotlib as mpl 
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
import numpy as np 
for i in range(3): 
    plt.plot(atom1[i],atom2[i]) 

在这种情况下我得到了以下错误消息：类型错误：类型的对象“浮动“没有LEN（）

我感谢所有帮助:)

Answer 1

错误发生，因为plt.plot(x, y)预计x和y是列表或数组具有长，而你给了它一个浮动。您可以通过在方括号内附上[atom1[i]]使其成为一个列表来避免这种情况。

但是，通常最好避免这种情况，因为它不清楚发生了什么。不是循环通过每个原子，而是将它们全部粘合到一个数组中，然后绘制数组的列。您甚至可以在创建原子时发现，只要首先在数组中创建原子即可。例如：

from matplotlib import pyplot as plt 
import matplotlib as mpl 
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
import numpy as np 

# Define several atoms, these are numpy arrays of length 3 
# randomly pulled from a uniform distribution between -1 and 1 

atom1 = np.random.uniform(-1, 1, 3) 
atom2 = np.random.uniform(-1, 1, 3) 
atom3 = np.random.uniform(-1, 1, 3) 
atom4 = np.random.uniform(-1, 1, 3) 

# Define a list of colors to plot atoms 

colors = ['r', 'g', 'b', 'k'] 

# Here all the atoms are stacked into a (4, 3) array 
atoms = np.vstack([atom1, atom2, atom3, atom4]) 

ax = plt.subplot(111, projection='3d') 

# Plot scatter of points 
ax.scatter3D(atoms[:, 0], atoms[:, 1], atoms[:, 2], c=colors) 

plt.show() 

我添加了颜色，因为它有助于查看哪个原子是哪个。