SGE + sqlite3：错误：数据库被锁定

我试图运行在集群中使用sqlite3的脚本（SGE）。SGE + sqlite3：错误：数据库被锁定

该脚本创建与lockfile锁，填充数据库，并释放锁。

$cat test.sh 

    #!/bin/sh 
    lockfile /commun/data/_tmp.idp448.lock 
    sqlite3 /commun/data/stats.sqlite "create table if not exists timeBeginDB(target text UNIQUE NOT NULL,inserted int);" 
    rm -f /commun/data/_tmp.idp448.lock 
    whoami

/commun/data /从所有节点都可见。 /commun/data/_tmp.idp448.lock是我创建的一个随机名，我目前是唯一使用我们的新群集的名称。

没有的qsub脚本工作没有任何问题：

[lindenb]$ sh test.sh 
    lindenb #prints whoami, no error on stderr

时的qsub被调用：

$ qsub -cwd -S /bin/sh test.sh 
    Your job 673 ("test.sh") has been submitted 

    $ cat test.sh.o673 
    lindenb #prints 'whoami', so the lock have been created and deleted 


    $ cat test.sh.e673 
    Error: database is locked

这是一个sqlite3的错误。

你有什么想法，什么样的建议，在上海黄金交易所方面，可能是问题的原因，行为的这种差异？

谢谢皮埃尔

UPDATE：

我超级用户身份登录集群的节点上。简单以下命令失败：（/commun/data/stats2.sqlite不存在）

ssh [email protected] 
[email protected]'s password: 
sqlite3 /commun/data/stats2.sqlite 'create table if not exists timeBeginDB(target text UNIQUE NOT NULL,inserted int);' 
Error: database is locked

它工作在〜根：

[[email protected] ~]# sqlite3 stats2.sqlite 'create table if not exists timeBeginDB(target text UNIQUE NOT NULL,inserted int);' 
[[email protected] ~]#

来源

2012-11-23 Pierre

错误是否发生在{for {1..10}中的i中;做test.sh＆完成“？ – choroba

@choroba，我已经运行了循环，stderr上没有错误。 – Pierre

从我对我们的SGE做了测试，看来lockfile不能在集群上运行。然而，似乎有效的是在bash-hackers处描述的简单的mkdir锁。

#!/bin/sh 
DIR=/commun/data/ 
LOCK=$DIR/_tmp.idp448.lock 
until mkdir $LOCK ; do 
    sleep 4 
done 
(date ; hostname) >> $DIR/sge-test 
rmdir $LOCK 
whoami

随着lockfile，在SGE-测试文件报告的日期非常接近对方。

来源

2012-11-23 09:38:00 choroba

lockfile在这里工作，问题来自sqlite – Pierre

@Pierre：你是否用'（date; hostname）'而不是'sqlite3'来试验你的脚本来验证'lockfile'真的起作用？ – choroba

我更新了我的问题，这是一个问题与SQLite，而不是lockfile – Pierre

/exec/data在你的exec节点上挂载NFS吗？

您可能很有可能在GridEngine设置中看到SQLite“错误：数据库已锁定”消息的一个原因，该设置通常会有很多节点通过NFS写入共享文件系统，SQLite希望使用fcntl锁， 不能通过NFSv3正常工作，除非您在客户端和服务器上运行锁定。

我遇到了很多问题，并且在任何情况下，我都已经看到，只是在每个集群节点上启用lockd（或rpc.lockd或nfslock等，具体取决于您的环境）服务以及任何机器正在服务共享文件系统将解决问题。

来源

2013-04-25 23:24:08 zerosquid

SGE + sqlite3：错误：数据库被锁定

回答

相关问题