错误：试图猜测R的HOME，但在路径上没有命令（R）centos

我正在使用R 2.7.2和python 2.6.6并在centos 6.7上下载了rpy2-2.7.6。我正尝试使用多种方式在centos上安装ryp2。错误：试图猜测R的HOME，但在路径上没有命令（R）centos

python setup.py build --r-home=/usr/lib64/R/lib install
pip install ryp2

越来越常见的错误：

Error: Tried to guess R's HOME but no command (R) in the PATH " .

除了这个我还添加了PATH以及具有R_HOME和R bin路径的LD_LIBRARY_PATH在.bashrc。

仍然有相同的错误。请帮我解决这个问题。

来源

2016-01-06 archana

以下工作在RHEL6上，它仍在运行Python 2.6。为了让rpy2安装脚本找到R，我们需要从Python 2.7复制一些代码到rpy2的安装文件中。
运行

pip install rpy2

其未能按你的描述后，输出告诉我们到哪里寻找下载的代码（例如/ tmp目录/ PIP-集结meuser/rpy2 /）

访问该文件夹，编辑setup.py 第一个“高清”行前添加以下代码：

import subprocess 

if "check_output" not in dir(subprocess): # duck punch it in! 
    def f(*popenargs, **kwargs): 
     if 'stdout' in kwargs: 
      raise ValueError('stdout argument not allowed, it will be overridden.') 
     process = subprocess.Popen(stdout=subprocess.PIPE, *popenargs, **kwargs) 
     output, unused_err = process.communicate() 
     retcode = process.poll() 
     if retcode: 
      cmd = kwargs.get("args") 
      if cmd is None: 
       cmd = popenargs[0] 
      raise subprocess.CalledProcessError(retcode, cmd) 
     return output 
    subprocess.check_output = f

保存文件。现在再次尝试你的pip安装行;它应该工作。

以供参考，该源从https://hg.python.org/cpython/file/d37f963394aa/Lib/subprocess.py#l544 来了，解决的办法是从一个类似的问题，subprocess.check_output() doesn't seem to exist (Python 2.6.5)

如果你碰巧没有root访问的服务器上运行，则可能反而可以使用安装命令

pip install --upgrade -v --user rpy2

将最新的rpy2安装到您的本地（用户）帐户中。其他一切都是一样的。

来源

2016-01-28 22:45:25 CPBL

我有同样的问题，并希望以应用解决方案。但是，在错误行中报告的那个目录在创建后立即被删除。任何方法来克服这一点？ – splinter

对不起。我从RHEL转移了。其他人可以帮忙吗？尽管Ctrl-z会中断/暂停点进程...（键入“fg”来恢复它） – CPBL

为什么要使用PIP，而你可以按照如下安装包：

sudo apt-get update 

sudo apt-get install python-rpy2

来源

2017-04-01 19:27:12 Pierre

错误：试图猜测R的HOME，但在路径上没有命令（R）centos

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