具有特定轮廓的geom_statdensity2d？

我的目标是能够使用geom_density2d()几何在用户定义位置的散点图上绘制轮廓线。请看下面的代码：具有特定轮廓的geom_statdensity2d？

library(ggplot2) 
n = 100 
df = data.frame(x = c(rnorm(n, 0, .5), rnorm(n, 3, .5)), 
       y = c(rnorm(n, 1, .5), rnorm(n, 0, .5))) 

ggplot(df, aes(x = x, y = y)) + 
    geom_density2d() + 
    geom_point()

这将产生一个标准的等高线图，但似乎没有成为一个方式来手动控制其形状部拿得出。可选参数bin和h in可以在一定程度上控制轮廓线（从我假设的MASS传递给kde2d），但生成的线似乎不可解释。

理想情况下，我可以从ks库中复制plot.kde的功能，通过该参数可以控制这些功能。

library(ks) 
est = kde(df) 
plot(est, cont = c(50, 95))

来源

2016-03-24 Bugbee

也许，这是有帮助的：http://stackoverflow.com/questions/23437000/how-to-plot-a-contour-line-showing-where-95-of-values-水落内，在-R和在 – Jimbou

这是我天真的尝试，因为我几乎没有编写自定义的功能。所以以下可能不是一个好方法。但至少，代码完成了这项工作。我的窍门是使用ggplot创建的数据集。首先，绘制图形并获取用于图形的数据，您可以从ggplot_build(g)$data[1]中找到这些数据。在这里，你可以找到一个名为level的列。使用该列，可以为每个轮廓线子集数据。在myfun()中，您需要指定您想要的级别。该函数将指定级别的数据分组并绘制一个图形。

setseed(111) 
mydf = data.frame(x = c(rnorm(100, 0, .5), rnorm(100, 3, .5)), 
        y = c(rnorm(100, 1, .5), rnorm(100, 0, .5))) 

g <- ggplot(mydf, aes(x = x, y = y)) + 
      geom_density2d() + 
      geom_point() 

### Get a list containing data used for drawing g. 

temp <- as.data.frame(ggplot_build(g)$data[1]) 

### Check which levels you have in g 

ind <- unique(temp$level) 

ind 
#[1] 0.02 0.04 0.06 0.08 0.10 0.12 0.14 0.16 0.18 0.20 


myfun <- function(...){ 
       ana <- c(...) 
       foo <- subset(temp, level %in% ana) 

       g <- ggplot() + 
       geom_path(data = foo, aes(x = x, y = y, group = group), colour = "red") 

       print(g) 

       } 

### Run myfun by specify levels you want. 
myfun(0.02, 0.10, 0.18)

来源

2016-03-24 16:21:33 jazzurro

具有特定轮廓的geom_statdensity2d？

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