在IGRAPH

Question

计算相配我有一个数据集如下：

set.seed(123) 
A = data.frame(rnorm(10),rnorm(10),rnorm(10),rnorm(10)) 

，然后用于IGRAPH包进行网络出了以下内容：

inv<-cor(t(A)) 
inv[inv<0.5] <- 0 
inv[inv==1] <- 0 
g1 <- graph.adjacency(inv, mode = "undirected", diag=FALSE, weighted=TRUE) 

我们计算G1的相配coefficeint ，

assortativity (g1, types1, types2 = NULL, directed = TRUE) 

我现在的问题是，我应该如何设置“types”，它在文档中说它是ver tex值。究竟是什么意思？我想计算任何5个顶点网络的协调性。谁能告诉我这是怎么完成的？

Answer 1

所以我想你想要的标称版本的assortativity。例如。

V(g1)$foo <- sample(1:3, replace=TRUE, vcount(g1)) 
assortativity.nominal(g1, types=V(g1)$foo) 
# [1] -0.2270916 

类型必须是从1开始的整数。请参阅文档中的详细信息。