遍历shell脚本中同一目录下的所有文件

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我在一个目录中有5个文件（.fastq.gz），并且希望将它们转换为.fa文件。遍历shell脚本中同一目录下的所有文件

这样做，我用下面的命令分别为每个文件：

zcat bs1.fastq.gz | paste - - - - | awk '{print ">"$1"\n"$3}' > bs1.fa

我怎么能在同一时间执行所有文件相同的命令？其实我的文件有：

bs1.fastq.gz 
bs2.fastq.gz 
bs3.fastq.gz 
bs4.fastq.gz 
bs5.fastq.gz

，我想：

bs1.fa 
bs2.fa 
bs3.fa 
bs4.fa 
bs5.fa

来源

2017-03-02 user7249622

没有我的答案，或者任何其他人，理清问题了吗？如果是这样，请考虑接受它作为您的答案 - 通过点击投票计数旁边的空心绿色勾号/复选标记。如果没有，请说出什么不起作用，以便我或其他人可以进一步帮助您。谢谢。 http://meta.stackexchange.com/questions/5234/how-does-accepting-an-answer-work/5235#5235 –

简单for循环应该工作：

for f in *.fastq.gz; do 
    file="${f%%.*}" 
    zcat "$f" | paste - - - - | awk '{print ">"$1"\n"$3}' > "$file.fa" 
done

来源

2017-03-02 10:04:26 anubhava

15秒太晚了：D –

@ user7249622：这是否适合您？ – anubhava

#!/bin/bash 

for file in *.fastq.gz 
do 
    name=`echo "$file" | cut -d'.' -f1` 
    zcat $file | paste - - - - | awk '{print ">"$1"\n"$3}' > ${name}.fa 
done

*.fastq.gz将在当前目录中获取文件anything.fastq.gz

echo "$file" | cut -d'.' -f1将文件名拆分为第一个.，并将其作为第一部分。

来源

2017-03-02 10:04:41

[你不应该用ls解析文件]（http://mywiki.wooledge.org/ParsingLs） – Aserre

修复它谢谢。 –

@TobySpeight谢谢，更新了答案。 –

这应该做他们都在与GNU水货：

#!/bin/bash 
doit(){ 
    zcat $1 | paste - - - - | awk '{print ">"$1"\n"$3}' > $2 
} 
export -f doit 
parallel doit {} {\.} ::: bs*fastq.gz

来源

2017-03-02 11:39:31

遍历shell脚本中同一目录下的所有文件

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