modelTest和负极长度与R中的phangorn

Question

我正在分析蛋白质数据集。我试图在R中构建一个包phangorn的树。 当我构建它时，我会得到负边长，有时会使分析难以继续（modelTest）。 根据数据集的大小（超过250种蛋白质），我无法执行modelTest。显然，由于边缘长度不足，存在问题。但是，对于较短的数据集，即使存在一些负边长，我也可以执行modelTest。 我直接从终端运行它。

library(phangorn) 
dat = read.phyDat(file, format="fasta", type="AA") 
tax <- read.table("organism_names.txt", sep="\t", row.names=1) 
names(dat) <- tax[,1] 
distance <- dist.ml(dat, model="WAG") 
tree <- bionj(distance) 
mt <- modelTest(dat, tree, model=c("WAG", "LG", "cpREV", "mtArt", "MtZoa", "mtREV24"),multicore=TRUE) 

    Error: NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1) 
    In addition: Warning message: 
    In pml(tree, data) : negative edges length changed to 0! 

有人知道我该怎么办？

欢呼声中，阿尔巴

Answer 1

正如@Marc说，你的榜样是不是真的...重复性

如果问题真的是负数或零米分支长度，您可以尝试让他们一个非常小的正数，例如：

tree$edge.length[which(tree$edge.length <= 0)] <- 0.0000001 

另一个技巧是订阅R-sig-phylo，有关R.人系统发育邮件列表有真正懂行的通常是很快速的响应。