R phangorn Rscript R CMD BATCH不同结果

Question

我在使用phangorn软件包试图运行R脚本时收到奇怪的错误。每当我使用运行该脚本： Rscript mini_example.R 它失败，出现错误消息：

Error in as.vector(data) : 
no method for coercing this S4 class to a vector 
Calls: pml ... as.matrix -> as.matrix.default -> array -> as.vector 

这可能表明一些命名空间的烦恼。但是，运行R CMD BATCH mini_example.R OUT.txt时，一切运行平稳，没有错误。

代码mini_example.R：

library(phangorn) 
sessionInfo() 
data(Laurasiatherian) 
dm <- dist.ml(Laurasiatherian) 
tree <- NJ(dm) 
fitJC <- pml(tree, Laurasiatherian) 
fitJC <- optim.pml(fitJC) 
print('==>>Success <<==') 

我比较sessionInfo()为Rscript和R CMD BATCH两者（见下文），唯一不同的是，使用Rscript方法时未安装，而是通过命名空间加载。我有点困惑这个问题，所以这将是巨大的，如果有人用更多的知识可能有一个想法是什么，可能会导致Rscript麻烦......

当R CMD批

R version 3.2.1 (2015-06-18) 
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit) 
Running under: OS X 10.9.5 (Mavericks) 

locale: 
[1] C 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] phangorn_1.99.14 ape_3.3   

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] Matrix_1.2-2 nnls_1.4  parallel_3.2.1 igraph_0.7.1 
[5] nlme_3.1-120 grid_3.2.1  lattice_0.20-31 quadprog_1.5-5 

对于RSCRIPT

R version 3.2.1 (2015-06-18) 
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit) 
Running under: OS X 10.9.5 (Mavericks) 

locale: 
[1] C 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets base  

other attached packages: 
[1] phangorn_1.99.14 ape_3.3   

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] Matrix_1.2-2 nnls_1.4  parallel_3.2.1 igraph_0.7.1 
[5] nlme_3.1-120 grid_3.2.1  methods_3.2.1 lattice_0.20-31 
[9] quadprog_1.5-5 

Answer 1

，如果你除了phangorn导入library(methods)这适用于Rscript。这将methods的sessionInfo（）从“通过命名空间（并未附加）加载”更改为“附加的基础包”，这是您的sessionInfo（）之间唯一的区别Rscript与R CMD BATCH。

我不知道为什么两者会有所不同。但是，this answer注意littler（替代Rscript）“加载方法包”，这表明littler的作者也遇到了您的问题。