查找字符串中所有出现的模式的位置

@ Read1- GOOD

NAAAGTGAGATTCGAAATAAATACATCTGTGGCTTCACTTTGAACGGAACGATGTTCTCGTAT 

+ 

1D=DDADEHHHHHIGIJJJJGGFGHIHIJJIJJJJJIIIIGG99BDGHHHEGHJJIHHJJGIH

@ Read2-有2个不好的地方

NTTCGTAAAGCAGTGAACGAAATACATCTGTGGCTTCACTATGTTCTCGTATGCCGGAACGTC 

+ 

2#1=DFFFFHHHGHGHIJHJIJJJJJJJJJJJJJJJJJGIIHJJJJIIIGGHIIJJIHIIIIJG

@读3：

一个好，一个早期

NCAGGATCTGCATCGTGAACGATACATCTGTGGCTTCACTAGAACGTGTTCTCGTATGCCGTC 

+ 

B#1:[email protected]

@ Read4：一个好的，其中之一

NGCCCTTGACCGCAGGTTAGTGCTAAATACATCTGTGTACTGAACGTCACTATGTTCTCGTAT 

+ 

E#1:[email protected]@B>AC<7,[email protected]<<?AA?AA)8>ABBAAABABBA

我想在一个序列内找到一个长度为6个字符的模式（GAACG）（下面一行以@开头的行）。

重要的是，我希望我的模式在字符串中的位置42找到。

如果在该位置找到该模式，我将该序列与其之前的行及其之后的两行一起复制到一个新文件中。当试图用awk时，它没有工作，因为所有的索引（），匹配（）函数只查看第一次出现，并不看得更远，所以如果它发现我的模式位置41之前，那么它不会复制我的数据新文件。

基本上我的脚本应该返回为1，3和4 ...

我如何筛选的模式我的FASTQ文件，评估所有在找到它的位置，而只考虑有它的序列在第42位，无论其他位置是否还存在该图案？

听起来像一个正则表达式问题。

许多语言和脚本语言支持正则表达式，但是这似乎是在JavaScript的一个很好的例子：

2012-04-17 20:26:43 Tim

感谢您的答复。我在Linux环境下工作，我必须通读一个有数百万个序列的序列文件。此外，从第二行开始，序列只有每4行（如我的原始消息所示）。所以我不认为JavaScript可以真正适用于我的情况，不幸的是...但非常感谢！ – user1339677 2012-04-17 20:44:16

其实它很简单... substr（seq，42,6）== pattern应该是true ..就是这样！ – user1339677 2012-04-18 15:10:50

回答