可选参数Python？

我需要创建一个名为extractGenes.py可选参数Python？

命令行参数需要采取2个OR 3参数的程序：

-s是一个可选参数，或开关，指示用户wwants的剪接的基因序列（去除内含子）。该用户没有提供这个（意思是，他希望整个基因序列），但他没有提供它，然后它必须是第一个参数
输入文件（基因）
输出文件（程序将创建存储的fasta文件

该文件包含这样的线路：

NM_001003443 chr11 + 5925152 592608098 2 5925152,5925652, 5925404,5926898,

不过，我不是确定如何将-s可选参数包含到启动功能中。

于是我开始：

getGenes(-s, input, output): 
fp = open(input, 'r') 
wp = open(output, "w")

，但我不能确定如何包括-s。

来源

2012-04-21 Peter Hanson

这种情况是很简单的直接使用sys.argv：

import sys 

spliced = False 
if '-s' in sys.argv: 
    spliced = True 
    sys.argv.remove('-s') 
infile, outfile = sys.argv[1:]

另外，您还可以使用更强大的工具，如argparse和optparse生成一个命令行解析器：

import argparse 

parser = argparse.ArgumentParser(description='Tool for extracting genes') 
parser.add_argument('infile', help='source file with the genes') 
parser.add_argument('outfile', help='outfile file in a FASTA format') 
parser.add_argument('-s', '--spliced', action='store_true', help='remove introns') 

if __name__ == '__main__': 
    result = parser.parse_args('-s myin myout'.split()) 
    print vars(result)

来源

2012-04-21 16:51:14

这就是我一直在寻找的，感谢所有的帮助！ – 2012-04-21 17:57:32

乐意帮忙:-) – 2012-04-21 19:27:43

@RaymondHettinger，很好，我以前没有用过argparse。顺便说一句，我看到你在PyCon上谈论简单的AI，它很棒。 – zallarak 2012-04-22 19:13:40

Argparse是一个Python库，它可以为您处理可选的参数。 http://docs.python.org/library/argparse.html#module-argparse

来源

2012-04-21 16:49:47 dm03514

我对Python来说是新的并且不确定如何将argparse合并到程序中。我理解上面的评论，但因为我需要-s成为第一个参数，所以我不明白如何使它成为条件... – 2012-04-21 16:57:18

@PatrickCampbell - dm在我输入我的答案时回答，但我的解决方案正好使用他建议的图书馆（这确实是**图书馆在这种情况下使用的...） – mac 2012-04-21 17:00:30

谢谢!!!!!! – 2012-04-21 17:02:02

尝试这样：

def getGenes(input, output, s=False): 
    if s: 
     ... 
    else: 
     ...

如果你输入2个参数，S会是虚假的; getGenes（输入，输出）

如果使用3个参数调用getGenes（），s将是第3个参数，因此在这种情况下使用任何非False值调用它都会产生else子句。

来源

2012-04-21 16:50:55 zallarak

这里的问题是，无论什么原因，-s必须是第一个参数 – 2012-04-21 16:55:19

@PatrickCampbell为什么，为什么命令行上的参数顺序必须反映程序中某个函数的参数顺序？ – delnan 2012-04-21 16:58:10

我真的不知道为什么顺序很重要，我希望我不必这样做，但我被指示...... – 2012-04-21 17:02:37

可选参数Python？

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