保存输出为.csv表

我具有导致一台状输出下面的代码保存输出为.csv表

lvs <- c("normal", "abnormal") 
truth <- factor(rep(lvs, times = c(86, 258)), 
       levels = rev(lvs)) 
pred <- factor(
       c(
        rep(lvs, times = c(54, 32)), 
        rep(lvs, times = c(27, 231))),    
       levels = rev(lvs)) 

xtab <- table(pred, truth) 

library(caret) 
confusionMatrix(xtab) 

confusionMatrix(pred, truth) 
confusionMatrix(xtab, prevalence = 0.25)

我想输出的下面部分导出为.csv表

   Accuracy : 0.8285   
       95% CI : (0.7844, 0.8668) 
    No Information Rate : 0.75    
    P-Value [Acc > NIR] : 0.0003097  

        Kappa : 0.5336   
Mcnemar's Test P-Value : 0.6025370  

      Sensitivity : 0.8953   
      Specificity : 0.6279   
     Pos Pred Value : 0.8783   
     Neg Pred Value : 0.6667   
      Prevalence : 0.7500   
     Detection Rate : 0.6715   
    Detection Prevalence : 0.7645   
     Balanced Accuracy : 0.7616

尝试将其写入作为.csv表导致错误消息：

write.csv(confusionMatrix(xtab),file="file.csv") 
Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors = stringsAsFactors) : 
cannot coerce class ""confusionMatrix"" to a data.frame

由于显而易见的原因，手动完成整个工作是不切实际的并且容易出现人为错误。

有关如何将其导出为.csv的任何建议？

来源

2016-01-17 Oposum

是你想写在“key：value”形式的东西吗？ 'write.csv'根据错误期望data.frame，所以你将不得不将结果按照它可以采取的方式处理。 – steveb

只是为了澄清，你将不得不采取'confusionMatrix'的结果，并把你需要的数据放到data.frame中。 – steveb

@steveb是的，我现在看到。 mroto在下面的回应中非常清楚地概述了它。 – Oposum

好了，如果你检查的confusionMatrix(xtab, prevalence = 0.25)输出，这是一个列表：

cm <- confusionMatrix(pred, truth) 
str(cm) 

    List of 5 
$ positive: chr "abnormal" 
$ table : 'table' int [1:2, 1:2] 231 27 32 54 
    ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 
    .. ..$ Prediction: chr [1:2] "abnormal" "normal" 
    .. ..$ Reference : chr [1:2] "abnormal" "normal" 
$ overall : Named num [1:7] 0.828 0.534 0.784 0.867 0.75 ... 
    ..- attr(*, "names")= chr [1:7] "Accuracy" "Kappa" "AccuracyLower" "AccuracyUpper" ... 
$ byClass : Named num [1:8] 0.895 0.628 0.878 0.667 0.75 ... 
    ..- attr(*, "names")= chr [1:8] "Sensitivity" "Specificity" "Pos Pred Value" "Neg Pred Value" ... 
$ dots : list() 
- attr(*, "class")= chr "confusionMatrix"

从这里开始，你选择要创建从CSV并作出data.frame将在适当的对象每个变量都有一列。在你的情况下，这将是：

tocsv <- data.frame(cbind(t(cm$overall),t(cm$byClass))) 

# You can then use 
write.csv(tocsv,file="file.csv")

来源

2016-01-17 20:07:54 mtoto

谢谢，这非常接近。实际上，我稍微改变了你的代码以得到我想要的：'tocsv <-as.data.frame（t（data.frame（cbind（t（cm $ byClass），t（cm $ overall）））））''但是，如果我可以问你，为什么你首先要转位呢？另外，在我们进入'tocsv'阶段之前，是否需要将数值舍入？我后来知道，我可以命名该专栏，围绕它，然后替换它，但我想知道在初始阶段是否有更有效的方法。 – Oposum

另外我注意到代码改变了原始行'95％CI：（0.7844，0.8668）'，而是显示了这两行：'AccuracyLower 0.7844134380'和'AccuracyUpper 0.8667985207'。有没有办法保持原始方式'95％CI：（0.7844，0.8668）'？ – Oposum

默认情况下'byClass'和'overall'是命名的数值向量，它们不能以当前形式结合在一起。如果转置它们，则会在值的旁边创建名称的字符向量。至于将它们四舍五入，可能是的，但是如果你有一个问题，通常是好的做法，而不是在评论中填充它们。 – mtoto

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