在R中使用pvclust进行聚类分析

我想对某些列（变量）进行聚类分析，比如var 5-var10。为此，我在R中使用了pvclust。现在，我想将这一列的簇添加到实际的数据框中。任何人都可以帮我解决这个问题。我使用的代码下面给出：在R中使用pvclust进行聚类分析

group <- sqldf("select cq14x1_1,cq14x1_2,cq14x1_3,cq14x1_4,cq14x1_5,cq14x1_6,cq14x1_7, from parma_1") 
fit_1 <- pvclust(group,method.hclust="ward",method.dist="euclidean") 
group_2 <- (fit_1,alpha=.90)

来源

2011-06-10 Beta

在包'pvclust'中读取'pvclust'的帮助文件，在我看来，'pvclust'计算聚类的p值。下面的聚类实际上是使用'hclust'完成的。请参阅'？hclust'及其示例以获取有关如何执行层次聚类分析的帮助。 – Andrie 2011-06-11 07:18:06

-1使用sqldf的东西，可以做平凡和方式更快使用基地R ;-) – mbq 2011-06-12 16:14:35

我使用sqldf，因为我更舒适的使用sql查询。我不知道你怎么能为某些偏好设置负面的标记？ – Beta 2011-06-13 14:19:28

如果问题加上一栏，一个数据帧，只需使用：

yourdataframe <- cbind(yourdataframe, newcolumn)

如果这不是你的问题，尝试澄清问题。

来源

2011-06-12 16:00:58 nico

其实我想将定义新集群的列添加到主数据集中。我正在使用cbind选项。但不幸的是它是错误的。 newdataset = cbind（group，group_2）data.frame中的错误（...，check.names = FALSE）：参数意味着行数不同：199，0 – Beta 2011-06-13 15:36:29

@ user697363：呃...你没有分配任何东西给'group2'你在代码中放了一些括号，但是你没有调用任何函数......所以它的长度为0，你不能'将它'与数据帧'绑定'。 – nico 2011-06-13 15:43:19

你能告诉我如何纠正这个问题。我想在当前数据集中添加一个新列，其中新列包含来自pvclust的集群。我可以用hclust来做。但正如我上面提到的，我想用pvclust而不是hclust。 – Beta 2011-06-13 15:53:30

pvclust函数的输出是一个包含hclust元素的对象（检出部分Value）。 hclust基本上是聚类的树形表示（描述为here），并且可以被进一步馈送到产生组变量的函数cutree。看看cutree的文档page。您需要这3个函数来生成原始数据的实际集群成员资格，然后可以按照@nico的建议轻松添加到您的数据框中。

来源

2016-05-03 09:52:31 davidski

谢谢戴维斯基！ – Beta 2016-05-09 11:15:42

很高兴提供帮助。让我们知道这是否能解决您的问题和/或引发新问题。 – davidski 2016-05-09 16:44:40

在R中使用pvclust进行聚类分析

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